「喜ぶのです魔子クレオクフ、ついに我がエズフィト王になる人が見つかりました」(魔妃クレオクス)ようやく次界に戻ったマルコたち。しかしまだダークマターの脅威は去ってはいなかった。ダークマターは魔漆黒船を始動させると、今度こそ次界を闇の世界にしようと再び姿を現す。一方、魔妃クレオクスは、強大な力を秘めたドラキュロスをエズフィトの王とするべく、弟の魔子クレオクフに指令を与えた!
「ドラキュロスが笑った、私たちの友情が通じた証だ」(オズ)魔子クレオクフは魔漆黒船を奪い、ドラキュロスをエズフィトへと導く。そうとは知らないマルコたちは、ドラキュロスの身を案じて魔漆黒船に乗り込んだ。しかしドラキュロスは、マルコたちをだまして自分の部下に変えてしまう。そこにダークマターが出現。魔漆黒船は大破し、操縦不能のままエズフィトに突入してしまう。
「あのロココ様のお子様のマルコ様、どーんなハンサムなお方かしら?」(聖ビーナシス)聖ランドで傷を癒していたメディアは、源P7にマルコを聖ランドまで連れてくるよう命じた。源P7の一人・聖ビーナシスは、命令に従ってエズフィトへ向かう。そのエズフィトでは、内裏クレオクス妃の占いによって界にもう一つの太陽が生まれつつあることが判明する。太陽となるべき者、それはピア・マルコだった。
「暗黒と悪に満ちた素晴らしい世界だ!」(ダークマター)ダークマターは次界に黒い雪を降らし、住民を凶暴な悪魔へと変えてゆく。エズフィトから戻って戦うマルコも、手も足も出ずに敗北してしまう。住民たちはヤマトウォーリアが聖火光を守るように作った三重のバリアーの中に逃げ込むが、ダークマターはブラックゼウスとスーパーデビルを復活させてしまう。
「許されるものと許さざれるもの、この二つの区別に目覚める時…」(聖神ナディア&異聖メディア)ナディアとメディアに呼ばれたマルコは、新世界を築くための試練に挑むことになった。まずは欲望を捨て去るための、食べ物への執着を無くす試練だ。マルコが何とか耐え抜こうと頑張っている頃、次界ではブラックゼウスとスーパーデビルの攻撃によって第二のバリアーまで破壊されていた。マルコは果たして間に合うのか?
「俺は偉い、お辞儀をしろ!」(サン・マルコ)サン・マルコの活躍によってダークマターの脅威は去った。ところが、ようやく平和を取り戻した次界に魔漆黒船が現れる。和平の品を手にして降りてきた内裏ネイロスを、マルコだけは信じて招待を受けた。彼は歓待を受けて何事もなく戻ってきたかに見えたが、口を開くと意に反する言葉が次々と飛び出し始め…。
「おいらと君は、まんじゅうを分け合って食べた友達じゃないか」(サン・マルコ)ダークマターを封印したために影がなくなり、次界は暑熱に苦しめられていた。サン・マルコが新たな世界を創造する以外に打開策はない。同じ現象に襲われていたエズフィトでは、内裏ネイロスが自らが新世界の王になろうと動き出していた。情に弱いマルコの弱点を突くため、魔子クレオクフに彼の抹殺を命じたのだ。
「しょせんそなたも、自分たちだけが生きのびるために戦っているのではないのか?」(内裏ネイロス)聖コアポイントに向かう次界の前にエズフィトが現れた。オズたちは次界を動かすサン・マルコを残してエズフィト軍と戦うが、猛攻の前に苦戦を強いられる。エズフィトの無法に耐え切れなくなったサン・マルコも、ついに参戦。内裏ネイロスとの直接対決に挑む。一方、サン・マルコ抹殺に失敗した魔子クレオクフは…。
「ホントは少しずつみんな大切なんだ。そしてぼくらが作る新世界は、みんなが生き残れる世界だ!」(サン・マルコ)サン・マルコはダークマターの罠に落ち、すべての記憶を失った。次界は動きを止め、ダークマターは聖コアポイントに向けて源層大魔テーションを動かす。スーパーデビルによって復活した天魔界も聖コアポイントに向かう。オズは動けないサン・マルコに代わって次界を動かそうと試み、コッキーは一人で戦い続ける。
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