あしゅら男爵は旧日本陸軍の開発した決戦兵器を復活させ、建設中の前線基地に備え付けようとしていた。実現せずに終わった本土決戦用の巨砲ガレンと、強力なマグダム火薬だ。不穏な動きを察知した甲児はマジンガーZに乗り込み、鉄仮面軍団から逃れたさやかの案内で現場に向かう。機械獣・ブライトンJ2を繰り出して迎え撃つあしゅら男爵。偵察によってガレン砲の存在を知った甲児たちは、破壊するためにある作戦を立てる。
ドクターヘルがあしゅら男爵に使用を許した巨人製造銃は、便利な兵器だが未完成で、あと一度しか使うことが出来なかった。あしゅら男爵は甲児の友人・純一に目を付け、彼の作った小型ロボット・バイコングを奪い、巨人製造銃で巨大化させてバイコングO9と命名した。純一の願いも空しく、バイコングO9はあしゅら男爵の命令に従って破壊の限りを尽くす。たまりかねた純一は、バイコングには弱点があることを甲児に教える。
異様な物体が海岸に上陸したとの連絡が入った。アフロダイAが調査に赴くものの、途中で行方がわからなくなってしまう。しばらく後、ボスたちがひとりでに転がる雪玉を発見する。その雪玉の中に隠れていたゴロンゴS2こそ、異様な物体に偽装して上陸した地下帝国の機械獣だった。甲児は鉄仮面軍団に包囲されて足止めを食っていたが、何とか逃れて研究所にたどり着くと、マジンガーZに乗り込んでゴロンゴS2に戦いを挑む。
ズバ抜けた強さを誇る機械獣・スパルタンK5は、怒りを忘れてしまったために自ら戦おうとしなかった。腹を立てたドクターヘルはスパルタンK5を破壊しようとするが、あしゅら男爵は試しに戦いの場に出してみる。ただ眠っているだけのスパルタンK5に安心したシローたちは、調子に乗って体の上に登り、歌えや踊れやの大騒ぎを始める。するとスパルタンK5は目を覚まして暴れ始める。屈辱を受けて怒りの心を思い出したのだ!
あしゅら男爵は人工的に起こした津波に乗じて、機械獣・チグルE7を上陸させた。マジンガーZが迎撃に向かった隙に、もう一体の機械獣・ゴリアスW3が光子力研究所を襲撃する。チグルE7をロケットパンチで退け、急ぎ研究所へ戻るマジンガーZ。ゴリアスW3との戦いも優位に勧めるが、電磁ムチ攻撃を受けて武器が使えなくなってしまう。勢いづくゴリアスW3に、マジンガーZは素手だけを武器に立ち向かってゆく。
甲児の見た恐ろしい夢が正夢になろうとしていた。あしゅら男爵が甲児を暗殺するために、鉄仮面軍団を送り込んできたのだ。一方、プライドの高いドクターヘルは暗殺という手段を潔しとせず、機械獣・バルカンP5で正面から攻撃を仕掛けてくる。バルカンP5は、ホバーパイルダーを誘き寄せてボンド弾を命中させる。身動きの出来なくなった甲児を焼き尽くしてしまおうと、鉄仮面軍団が火炎放射の準備を整える!
多発する原因不明の地盤沈下によって、街やコンビナートが次々に破壊されていた。事態を憂慮する弓博士のもとに、研究所長の地位を譲らなければ地盤沈下は全国に広がるという、ドクターヘルからの警告が届く。一般の人々に被害が及ぶことを懸念する弓博士は、要求に従ってジャパニウムを引き渡すことを決意。だが、博士があしゅら男爵に引き渡した品は、のっそり博士が密かにすり替えた偽物だった。
海底機械獣・グロッサムX2が、航行する船舶を巨大なハサミで次々と沈め始めた。被害に遭った乗客の中には、光子力研究所の招待で日本に向かっていた科学者・ゴードン博士とその妻子もいた。助けられたゴードン博士は、死んでいった人々の霊をなぐさめるため、マジンガーZが海中でも自由に動けるように強化しようと娘のリサと共に改造を始める。光子力ロケットの噴射装置を、両脚に取り付けようというのだ。
さすがのドクターヘルも、海中を自由に移動出来るようになったマジンガーZが脅威であることは認めざるを得なかった。海がだめなら空と、彼はあしゅら男爵に空飛ぶ機械獣・デビラーX1を与える。デビラーX1はホバーパイルダーを撃ち落とし、光子力研究所に襲いかかる。マジンガーZに飛行能力を与えることは可能だが、改造するための時間が足りない。甲児はどうすれば今ある武器でデビラーX1を倒すことが出来るか、懸命に頭を絞る。
いじめられっ子の転校生・ミツオは、機械獣・ストロンガーT4の実験を目撃してしまったためにあしゅら男爵に捕らわれてしまう。世界一強い男の子にしてあげるとそそのかされたミツオは、機械獣の操縦を請け負っていじめっ子に復讐を開始。だが、機械獣はミツオの思うとおりには動かず、いじめっ子共々コックピットに閉じ込められる。機械獣に子供たちが乗っている限り攻撃することは出来ない。困惑する甲児の取った行動は…?
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