不動高校の文化祭が迫っていた。美雪が部長を務めるミステリー研究会も、部員たちが準備に大忙し。今回は部員たちが持ち寄った“ミステリーにまつわるお宝”を展示することになっていた。目玉は部員の京谷が持ってきた、『ホームズ全集』の初版本だ。ところがその本が、謎の人物からの挑戦状と共に盗まれてしまう!
はじめと美雪は友人の藍沢茜から、ホテルのオープニングパーティーに招待された。ホテルは絢爛豪華、景色は息を呑むほど美しく、パーティーの催しにはシャオロンの率いる上海雑伎団がショウを予定している。楽しいことばかりの旅行に思えた。だが、ある人物の企んだ恐るべき殺人計画が、密かに進行していたのだ。
テロリストの一団がレストランに現れ、ホテルを占拠してしまった。彼らの狙いは島の観光開発を阻止すること。そしてキングシーサーのもと、独立国家を建設することだった。突然の出来事に困惑するはじめたちに、テロリストは無慈悲にも銃口を向ける。大量殺戮の恐怖に追い詰められてゆく、はじめたちの運命は!?
テロリストに連れて行かれた藍沢由里絵が、死体となって発見された。指導者のキングシーサーが、ついに冷酷な本性を現したのだ。はじめたちは脱出作戦を目論むが、なかなかキングシーサーの目を逃れることができない。一同を襲う銃弾の雨。その頃、東京で捜査にあたる明智警視は、徐々に天才の本領を発揮し始める。
剣持の執念の捜査が、ついにテロリスト・太刀の身元を突き止めた。明智警視は手に入れた情報を武器に、キングシーサーたちを着実に追い詰めてゆく。はじめも、やられっぱなしでいるわけにはいかない。だが、行動を開始した彼の背後から凶器が振り下ろされる。倒れるはじめの運命は?テロリスト集団の驚くべき正体とは?
脱出作戦を敢行したはじめたちは、テロリストの目を盗んでエレベーターに乗り込んだ。しかし、到着してドアが開いた途端、催眠ガスが流れ込んできた。一同は次々と倒れ込んでゆく、事件の鍵を握るただ一人の人物を除いて。ついに明かされるキングシーサーの正体。すべての謎につながる秘密は、深く蒼い海に隠されている。
美雪がワゴン車にひき逃げされ、意識不明の重体に陥った。ナンバーから特定された車は写真スタジオ所有のもので、三人のカメラマンが利用者として考えられる。このうちの一人が美雪をひいて逃げた犯人なのだ。だが、三人全てがアリバイを主張。偽のアリバイを崩す証拠は、彼らが撮影した写真のフィルムに隠されている。
はじめたちは何者かに刺されて倒れている男を見つけた。「ヤマタノオロチ」という言葉を残して息絶えた男は、建設会社の取締役を務める朱雀という人物だった。彼は出雲にある八雲館という旅館に行くつもりだったらしい。八雲館の宿泊客にはある共通点があり…。奇妙な八角形の方位図は、いったい何を意味するのか?
突然の停電と共に、八雲館に悲鳴が響き渡った。はじめたちが駆けつけた現場には、なぜかヤマタノオロチの屏風が残されていた。そして突如として炎が上がる!新たな犠牲者が出たのは、オロチが古から伝わる死の舞を始めたからなのか?推理を巡らせるはじめは、精霊文書という古文書が鍵を握っていることを知る。
八雲館の近くの滝壺から、白骨化した遺体が発見された。遺留品に含まれていた眼鏡から、行方をくらましていた乾教授である可能性が高い。はじめたちは更にオロチの墓らしき場所を発見し、恐る恐る足を踏み入れてゆく。禁断の遺跡で何が起こるのか?ついに真相にたどり着いたはじめが、事件の謎を解き明かしてゆく。
八雲館の宿泊客に共通するのは、全員が“精霊の子孫”であるということ。一連の事件の犯人は、この中にいるのだ。はじめはタレント議員・青山龍子殺害の謎を解くが、真犯人を指し示すにはもう一つの重要な事実を明らかにする必要があった。ヤマタノオロチは死の舞を終え、黄泉の国の死者が伝説の裏に隠された闇を暴く!
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