コナンたちは園子の知り合いの近田詠美に会うため、彼女の高校にやってくる。詠美が同級生と開設した恋の相談窓口織り姫クラブが設置した箱に事件予告の手紙が入れられていたという。詠美は「本日日没とともに、TBに死を!」という手紙が残っていた事を打ち明け、コナンたちは手分けして該当する生徒を探すが・・・。
羽田秀吉と勝又力の名人戦が開催される。2日目の対局直前、秀吉は女性スタッフから、妙な男から渡してくれと頼まれたという封筒を受け取る。手紙は恋人の宮本由美を誘拐したという脅迫状だった。秀吉は第一局の暗号文を解読してやってきた明治神宮でコナンたちと会う。コナンは第二局の暗号を解読して・・・。
名人戦中の羽田秀吉のもとに恋人の宮本由美を誘拐したという脅迫文が届く。コナンは第二局の暗号を解読し、幽霊坂にある墓地にやってくる。暗号が示しているのは福島正則の供養塔で、供養塔の裏の将棋盤には駒が接着剤で貼り付けられていた。コナンは哀たちの会話からこの暗号を解読。由美が杯戸町にいると確信して・・・。
コナンは蘭、園子とホテルのプールに遊びに行く。ホテルのオーナーの社長令嬢、永美はフィアンセの左巻が異母妹の浜香とデキていると疑っていた。この後、浜香は永美が首につけていたネックレスがない事に気付く。永美が1人で捜すと言って、皆にプールから上がるよう命じた後、ホテルのボーイが溺死した永美を発見して・・・。
ホテルのプールで大磯ファイナンス社長令嬢、永美の遺体が発見される。目暮はフィアンセの左巻、異母妹の浜香、ホテル支配人、豊島の行動を調べる事に。プールの受付スタッフは最初に戻ってきたのは豊島、次は左巻、最後は浜香だったと明かす。コナンと世良はプールの排水口と壁を見て誰が犯人かに気付く。
小五郎は気象予報士の関根康美と対談する。コナンたちが帰ろうとした時、パンという音が響き、続けてシューッという音。さらに康美の叫び声と落下音が聞こえてくる。駆けつけると、康美が絶命していた。小五郎は事故だと推理するが、コナンはADの浩子のイタズラを利用して康美を殺害した犯人がいると見破って・・・。
電話で2回殺害予告されたスーパー米花堂の店員、神崎。小五郎は神崎を恨んでいる人物はいないと判断するが、日曜、目出し帽の男が米花堂のマスコットキャラクター、ベカポンの着ぐるみに包丁を刺して逃げていく。刺されたのは神崎の代役で着ぐるみを着ていた下村だった。コナンは殺害予告時の話を聞いて真相に近づく・・・。
小五郎たちがファミレスで食事をしていると、ウエイターの染谷と同僚の梨元が激しい揉み合いになる。近くに座る小中千絵は何かに怯えたようにうつむいていた。3日後、高木刑事は染谷を警視庁まで連行するが、染谷が車内で暴れ、パトカーは大破。コナンたちは高木と染谷の事をニュースで知り、梨元に話を訊く事にする。
サッカーの帰り道、歩美は路地からアパートを眺める少年に気付く。声をかけると、少年はおばちゃんが殺害されたと泣き出す。部屋の中ではシナリオライターの駒井保江が首を括って絶命していた。コナンは足元に踏み台がない事から自殺に見せかけた殺害事件と推理。目暮は部屋に来た柴苅、阪場、幅中から話を聞いて・・・。
シナリオライターの駒井保江が自宅アパートで絶命していた。保江は3人の男が順番に来るが、帰った後、自分が出てこなかったら殺害されていると思うから警察に電話してと少年に頼んでいた。部屋に来た3人はそれぞれ自分が行った時には保江は絶命していたと証言。話を聞いたコナンはある事件を調べ、事件の真相に辿り着く。
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