新たに開発したスカイセイバーのエンジンをめぐって、松五郎と喧嘩をしてしまったゴウ。互いに意地を張り合う二人は、なかなか仲直りすることが出来ない。そんな中、フェスタ空港では謎の電波障害が起こっており、飛行機の離着陸が出来なくなっていた。ゴウは早速、新たなエンジンを積んだスカイセイバーで空港に向かう。
100万クレジットの夜景を誇るエレクトロ自治区は、謎の停電に悩まされていた。自治区から依頼を請けたぷかりんカンパニーは、絶対に停電しない自家発電メカを開発する。しかし、完成した自家発電メカはスクラップ団に奪われてしまい、セイバーキッズの前に、雷を操る強敵デストロイドとして立ちふさがったのだった。
宇宙局が開発した最新鋭の人工衛星が墜落、乗組員の救助の要請を受け、セイバーキッズが出動した。救助は無事に成功し、ランは助け出されたパイロット・ニールとプライベートでも会うようになる。徐々に距離を縮めていくランとニールだが、ニールは人工衛星の墜落事故について、何か重要な秘密を隠しているようで……。
ぷかりんカンパニーが開発した車掌ロボが評判になり、天神林家は列車の旅に招待された。単調な旅が退屈でたまらない子供たちは、プールやディスコなどの娯楽施設を完備した列車を探検することに。しかし、乗り合わせていたスクラップ団の策略により、機関部はゴウを乗せたまま、後続の列車と切り離されてしまう。
グリーンフォレスト自治区の湖に生息するという、謎の恐竜を捕獲するためのロボットを依頼されたぷかりんカンパニー。一家総出で作り上げたロボットを自治区に運んだセイバーキッズは、数々の伝説を持つ猛獣ハンターチームと、恐竜捕獲作戦に参加することに。そんな中、またしてもスクラップ団が現れて……。
旧友である脳外科の権威・Dr.ケーシーを訪ねていた松五郎は、ぎっくり腰に見舞われて、急遽入院することになってしまう。その病院には、世界平和の父と呼ばれるピース牧師も脳腫瘍で運び込まれていた。ピース牧師を良く思わないスクラップ団が白アリデストロイドを送り込み、牧師の手術を控えた病院は大混乱に陥る。
松五郎の作ったピザ焼きロボが、スクラップ団に盗まれた。Dr.バグによって改造され、デストロイドにされてしまったピザ焼きロボは、好き勝手に街を破壊し始める。迎撃に向かったセイバーキッズだったが、ピザ焼きデストロイドの予測不能の攻撃に翻弄されてしまう。勝ち誇るスクラップ団に、セイバーキッズは……。
女の子を操るロボをそれぞれ開発したゴウとDr.バグ。自分好みの女の子と仲良くなることを目論むゴウは、Dr.バグが女の子を集めるために開いたバーゲンセールに、家族と一緒に出かけていく。キューピッドロボの性能はいまいちで、落ち込む男性陣。だが、その影でランがDr.バグの作った悪魔ロボの毒牙にかかってしまい……。
プカリンカンパニーが開発したレンタルロボットが強盗事件を起こし、逮捕されたという連絡が入った。早速調査に向かったセイバーキッズは、そのロボットが、ぷかりんカンパニー製に良く似せて作られた偽者だということを突き止める。プカリンの名誉を守るため、ゴウはガードロボットに変装し、敵の本拠地に乗り込んでいく。
南極に設置された観測用ロボから、ぷかりん号にSOSが送られてきた。ゴウと喧嘩をしたことで、一人で調査に向かうことになったランは、現地で太陽が二つに増えているという信じられない光景を目の当たりにする。Dr.バグが作り出した第二の太陽によって南極の氷が溶け始め、世界各地に津波による被害が広がり……。
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