プカリンカンパニーの代表として、オールスターゲームの始球式のマウンドに立つことになったラン。しかしドームには、Dr.バグが9つの爆弾を仕掛けていた。ロイヤルボックスに閉じ込められたケンとランと連絡を取りながら、ゴウは爆弾の捜索を始める。タイムリミットが迫る中、ドームを駆け回るゴウだが……。
地球連邦会議に特別ゲストとして出席することになったセイバーキッズ。しかし会議の最中、Dr.バグのデストロイドにより、地球連邦本部がハイジャックされてしまう。スクラップ団の目的が秘密裏に保管されている核兵器であることを知ったセイバーキッズは、敵に連れ去られた事務総長の救出と、連邦本部の解放に乗り出す。
ノストラダムスの再来とも騒がれている占い師クローネが、世界の破滅を予言した。それによると、世界を破滅へ導くのは、セイバーキッズだという。テレビを見ていたゴウはいきり立つが、時を同じくしてランセイバーが墜落事故を起こし、けが人を出してしまう。負傷したランによると、無数のカラスに襲われたらしく……。
乗馬型ロボがその性能を競い合うキングダム大障害レース。松五郎を尊敬するという少年から届いたビデオテープを見た松五郎は、怪我をした少年の代わりにホースロボの制作に取り掛かる。一方、ぷかりんカンパニーがレースに出場することを知ったスクラップ団は、ぷかりんカンパニーを陥れるため、自分たちも出場を決める。
サンドストーム自治区で突如、油田の石油が海に流出し、深刻な海洋汚染に発展していた。スクラップ団の仕業だと確信したセイバーキッズは、急ぎ開発した地中レーダーメカを伴って砂漠へと向かう。現地に到着した3機は激しい砂嵐に見舞われ、キャリアセイバーはケンを乗せたまま、アリ地獄の中へと飲み込まれてしまった。
スクラップ団が自社のロボを悪用することに我慢の出来なくなったゴウは、敵の本拠地を探り出して一気にケリをつけようと試みる。囮として作製した宣伝ロボは作戦通りスクラップ団に誘拐され、ゴウは追跡を開始。しかしDr.バグも、宣伝ロボに電波発信機が取り付けられていることに気づく。2人の知恵比べが始まった。
下水道で、点検用ロボが次々に破壊されるという事件が起こった。調査を依頼されたぷかりんカンパニーは、早速偵察用のネズミロボットを作り出し、現場へ向かう。下水道に何かがいることを突き止めたセイバーキッズは、直接下水道に降りて調査を開始。悪臭漂う中を奥へ進んでいくと、何故かワニが飛び出してきて……。
スクラップ団によって大きなビルや橋などが壊される事件が勃発。姿も見えず、レーダーにも映らない敵の攻撃に、連邦軍もなすすべもない。この特殊な敵の特性に、松五郎は物体透明化装置の研究をしていた旧友・桜田博士の存在を思い出した。しかし、桜田博士の研究所はもぬけの殻。更に連邦軍には新しい予告が飛び込んできた。
電気店の倉庫から、大量の真空管が盗まれた。事件の再発を恐れたオーナーからガードロボットの発注を受けた竹男は、久しぶりの大口注文に大喜び。だが、契約書を携えてぷかりん号に戻る途中、変装したイプシロンとぶつかり、鞄を取り違えてしまう。倒産のかかったぷかりんカンパニーの面々は、契約書を取り戻すために奔走する。
モダンアートの巨匠・メカソの全作品を展示した美術館から、最大の目玉である『モダン・モナリザ』が盗まれてしまった。ゴウは、絵画の修復用に作ったペインターロボで、犯人がスクラップ団であることを突き止める。Dr.バグは、盗まれた絵に隠された設計図を使い、最強のデストロイドを作り上げ、破壊活動を開始した。
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