何度も命を狙われ、身の危険を感じている女優の羽根木りょうから、依頼を受けた小五郎。任務はりょうを守る事、犯人を突き止める事だった。りょうと後輩のレイナが出演する番組のロケの翌日、2人が湖畔を散策する撮影が行われる。小五郎と民間SPチーフの土橋は警護を続けるが、一連の事件は狂言の可能性が出てきて・・・。
下校中、歩美が真壁邸を見ると、住人の真壁純が毛布に包んだ何かを運んでいた。真壁の顔や服には血が付着し、包まれていたのは生気のない妻の百合だった。歩美は真壁が百合を殺害したと疑い、元太たちと真壁邸へ。コナンは殺害されたとは限らないと指摘するが、若い女性と真壁の会話から事件の可能性もあると考え直して・・・。
ミステリー作家の上林長作が雑居ビルAと雑居ビルBの間の路地に転落死。目暮警部は窓が開いているビルAの廊下から落ちたと考える。そこに小五郎とコナンが偶然通りかかる。目暮は何か作業中に足を滑らせた事故死と判断するが、コナンは窓から外を見て、向かいのビルBの同じ位置にも窓がある事に気付いて・・・。
小五郎は女子大生の中居芙奈子からフリーターの彦根一真を捜して欲しいと依頼される。だが、芙奈子は彦根と知り合いではなく、小五郎はストーカーの手伝いはできないと断る。コナンが気になって跡を尾けると、芙奈子は彦根のアパートを訪ねていた。この後、コナンは彦根が残した犯罪計画書というノートを確認して・・・。
コナンはビル屋上から会社員の袋小路が落下する現場を目撃する。真下には会社員の小松が佇んでおり、直撃すれば危険な状態。コナンはボールを袋小路に向かって蹴り、袋小路はゴミの山に落ちて助かる。翌朝、目暮警部たちが捜査をしていた。目暮は、誰かが袋小路を屋上まで運んで落とした殺人未遂事件と考えていた。
放課後、コナンたちがサッカーの練習をするため、阿笠博士の知り合いの屋敷の跡地へ向かうと、警察が捜査をしていた。跡地にあるプールで男性の遺体が発見されたという。跡地に入るには門を通らなければならず、最後に開けられたのは3日前。だが、死亡推定時刻は昨夜の日付が変わる前。事件は屋根のない密室で起きていた。
闇金会社社長、佐伯建造と妻、弘子の5歳になる娘の礼奈が誘拐された。犯人は警察に知らせたら娘の命はないと警告し、身代金1億円を米花中央公園に持ってこいと要求。運搬役として指名したのは家政婦の鈴子だった。目暮は身代金を入れたバッグ、車の下、鈴子のブローチに発信機を付けたが、誘拐犯はそれを見越していて…。
小五郎はコナンと蘭を連れて鳥取にやってくる。砂の美術館へ行った後、倉吉へと移動し、鳥取県警の山根と共に地元の名家、熊堂家に行ってみる事に。家の居間では長男の妻、修子が両手両足を縛られていた。翌朝、コナンたちは当主の熊堂巌、長女の万亀江、長男の惣一、次男の淳二のアリバイを調べるが・・・。
鳥取の名家、熊堂家から家宝の香炉が盗まれた。小五郎は巌、万亀江、惣一、淳二という熊堂家の誰かが犯人と推理。コナンは直美のわざとらしいアリバイが引っかかり、直美の伯父、足立が働くなしっこ館を訪ねる。コナンは足立から修子が弱みを握られている状況を知り、修子が縛られていた訳に気付く。
4日前、2日前と2日に1回、異なる児童公園で放火事件が発生していた。コナンたちは、放火魔を捕まえようと去年と同じ現場を張り込んでいたフリーター、釜石と共に調査を行う。事件を洗い直すため現場となった公園へ向かうと、看板や広告の文字が赤く囲まれていた。コナンは一連の印が何を意味しているかに気付いて・・・。
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