ロボット・バトル協会からの挑戦を受けて、とある田舎へとやって来た拳たい一行。協会のチャンピオン3体vsレッドバロン、神龍、カンフータイガーで勝負しようというものだ。だが、試合開始時刻になっても神龍、カンフータイガーは、村に到着しない……。実はこの試合は、アシモフたちの罠。2体は途中で攻撃を受け、足止めされていたのだ。3体同時攻撃を受けたレッドバロンは窮地に陥ってしまうのだが……。
カイザーに解雇されたマリリン、アシモフ、フロイトの3博士は次なる企みを画策する。メタルファイト協会の秘書を脅迫し、フランスはパリでの試合を仕組んだのだ。秘書のようすが変なことに気づいた孔明は協会に赴き、そこでマリリンと遭遇する。危険を感じた孔明は、拳に忠告するが、拳は逆に闘志を燃やすのだった。そしてパリには、バロンを倒すためマリリン自ら乗り込んだ、ヴィーナスが待ちかまえていた!
次の対戦相手を待つ拳に、協会の秘書から連絡が入った。秘書は、今までの対戦が3博士によって操作されていたことを告白する。この事実を知ったアシモフは、逆にバロンを罠にはめるのだった。石油採掘基地で作業ロボットが暴れていることを知った拳は、レッドバロンで救助に向かう。そこにブラックジャガーと名乗る謎のファイターが現れた!
カイザーにレッドバロンとの対決を迫るシャドー。レッドバロンとゴールドバロンを五分の状態で戦わせたいカイザーは、ロボット警察のコンピューターを操り、レッドバロン逮捕を企てるのだった。そのため拳たちは無罪なのに警察から追われる羽目に。拳は身の潔白を証明するため、バロンで警察に向かう。だが、そこにも罠が……。
ゴールドバロンの秘密訓練が順調に進む中、カイザーには一抹の不安があった。どんなに力つきようと、理屈を超えたパワーで勝利を勝ち取るレッドバロンの強さの秘密だ。一方、メタルファイト協会では究極の技と技のぶつかり合いを観客に見せるハイブリッド大会の開催を決めていた。打撃系選手の拳は出場をためらうが、2代目チャンピオンのテー・ルーズのテクニックを見せつけられ出場を決意するのだった。
多くのメタルファイターを倒したやり口に業を煮やした拳は、シャドーのゴールドバロンに戦いを挑む。だがレッドバロンの攻撃は全て予測されて、エレクトリッガーすらカウンターで返されてしまった。とどめを刺そうと迫るゴールドバロン。だが神龍とカンフータイガーの乱入でゴールドバロンは一端退いた。傷だらけでも闘志は衰えない拳だが、このまま再戦しても勝機はない。ゴールドバロンの秘密を探るため、孔明は一計を案じる。
拳のレッドバロン対シャドーのゴールドバロンとの果てしない戦いは続く。孔明の神龍が叩きのめされたことで怒りが頂点に達した拳は捨身の攻撃を放つ。だが、バロンと拳の動きのすべてを予測するゴールドバロンの前に、ダメージすら与えられない。そんな拳に孔明や翔子は戦いをやめるよう説得するが、拳は戦いを止めない。ついに拳は必殺エレクトリッガーを撃った。だがその瞬間、ゴールドバロンのこぶしはレッドバロンの腹部を打ち抜いた!
ゴールドバロンを撃退したレッドバロンと拳だったが、ダメージは大きかった。そこで翔子は拳のニセの葬式作戦を実行、地下に隠れる。そして孔明は。シャドーが語った鉄面党の情報から「守るよりも攻めるのが得策」と、カイザーの側近だったマリリンの協力も得て、カイザーの本拠地に乗り込む。だが、その作戦はカイザーに筒抜けだった。たちまちピンチに陥る孔明たち。皆を助けるため、大ケガをおして拳がレッドバロンで出る!!
鉄面党の首領・カイザーの正体は自分の父・鉄郎と知って落ち込む翔子。そんな中、またもやカイザーからの挑戦状がバロンに叩きつけられる。光子爆弾を積んだロボット・ソドムをニューヨークの自由の女神に向かわせたというのだ。女神にたどり着くその前に、ソドムの胸から信管を抜かないとニューヨークは消しとんでしまう。この挑戦がカイザーの罠だと承知で拳たちはニューヨークに向かう。
カイザーの罠にはまり、レッドバロンはロケットで連れ去られてしまった。しかも光子爆弾の起動まで残り時間はわずか。残された神龍とカンフータイガーは捨て身の攻撃でソドムを破壊、難を逃れた。バロンの行く先は翔子の父・鉄郎も関わっていたスーパーコンピューターセンターの跡地。カイザーはレッドバロンの強さの秘密を探ろうとしていたのだ。拳だけでなく鉄郎のことも気がかりな翔子はロビーとともにセンターに潜入するが……。
意志も持ったスーパーコンピュータネットワークシステムΣ(シグマ)によって、システム内に閉じ込められてしまった翔子とカイザー。落ちてくる天井を孔明の神龍と仲達のカンフータイガーが支えるが、強大なパワーに苦しむ。だが飛び込んできたレッドバロンにより、ピンチをしのいだ翔子たち。しかし拳からの応答は無かった……。レッドバロンと拳に何が起きているのか?そして、その時、翔子はカイザーの正体に気づいてしまう。
翔子の父・鉄郎の犠牲によってシグマのシステムは破壊、鉄面党との戦いは終わったようにみえた。だがシグマはしぶとく生き残り、翔子を連れさってしまう。そして、巨大なシグマタワーを東京湾上に浮上させたのだ。翔子がシグマタワーにいることを知った拳は、単身タワーに乗り込もうとする。だが、孔明はそんな拳を諌める。その拳の元に仲間たちが続々と駆けつけてきた!
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