「乱暴者の結末は、いつも不幸なものです」(牧師)憧れの美少女・白鳥ハルナを助けようとして、シローはガキ大将たちに惨敗する。特訓の結果、ガキ大将たちを力ずくでねじ伏せるシロー。だがハルナとも仲のいい牧師は言う。「愛する心を持たずに強さを自慢する者に勇者たる資格はない」と。そしてシローは、鉄也と戦闘獣との戦いを見て、牧師の言葉の意味を知るのだった。
「鉄也お兄ちゃんカッコイイ!オーレッ!」(シロー)遊園地で開催された闘牛イベントに、闘牛士としてエントリーしたボスと鉄也。ゴーゴン大公は闘牛に偽装した戦闘獣バイソニアを送り込み、鉄也を亡き者にしようと画策する。バイソニアと戦闘状態に突入した鉄也は、ジェットバイで逃げる途中、落石に遭って気絶。その隙にバイソニアは研究所の破壊へ向かうのだった。
「先生、呼びつけで呼んでよ。なんだか本当のお父さんのように思えるんだ」(シロー)シローは剣造所長に不信感を抱いていた。暗黒大将軍が囮を使ってグレートマジンガーを研究所から引き離し、その隙に研究所の攻略に乗り出そうとする中、所長に対して嫌悪感をあらわにするシロー。だが暗黒大将軍の人質にされた時、所長が危険を省みずシローの身代わりになったことから、初めて彼は自分の間違いに気付く。
「飛田博士の無念を晴らしてやる!」(鉄也)暗黒大将軍の襲撃で被害を被った研究所はいまだ修復の途中。飛田博士を失った痛手も癒えていない。これを絶好のチャンスと、暗黒大将軍は超人将軍ユリシーザーと戦闘獣ハーキュリーズを差し向ける。激しい海中戦を展開するグレートマジンガー。総攻撃を仕掛ける万能要塞ミケロス。鉄也たちは飛田博士の無念を晴らしたい!
「オレの傷口のことは、あの怪物をやっつけてから心配して下さい」(鉄也)突如、街を埋め尽くしたトカゲ群。殺せば奇怪な白煙を上げて人間を昏倒させ、放置してもパニックを引き起こす。トカゲの爆発と白煙で深いダメージを負う鉄也。さらに戦闘獣ゴモドラーに苦戦を強いられるグレートマジンガー。その絶体絶命の状況を打破するきっかけを掴んだのは、なんとボスボロットだった!
「あいつもきっと、今日から過去を捨てて男らしく立ち上がるだろうよ」(鉄也)かつてミケーネのプリンスだったケルビニウスは、闇の帝王と暗黒大将軍に国を乗っ取られて以来、戦闘獣として手駒にされていた。そんな彼に出撃命令が下る。身体に仕掛けられた爆弾と、国を再興する約束のために、不本意ながらグレートマジンガーとの対決に挑むケルビニウス。しかしその約束は幻想でしかなかった。
「できたらアメリカの甲児にも、日本の正月を送り届けてやりたいものだな」(剣造)これまで対立していた暗黒大将軍とアルゴス長官が、闇の帝王の命令で手を組んだ。その頃、シローは自慢の凧をテストしようと、ハルナを誘っていた。しかし約束の時間になっても彼女は現れない。なんとハルナは戦闘獣キリニアの体内に捕らわれていたのだ!グレートマジンガーやビューナスAは人質に翻弄されて・・・。
「敵と戦うだけがビューナスの仕事じゃない。平和利用もまた、大切な仕事だよ」(剣造)発見された巨大爬虫類の化石の運搬にグレートマジンガーの出動が要請されるが、鉄也の強い反発でビューナスAが向かうことになる。だがその化石の正体は戦闘獣イグアナスだった!イグアナスの奇襲攻撃に対し、グレートマジンガーの出撃で研究所の破壊は阻止されるものの、妖爬虫将軍ドレイドウは新たな作戦を思いつく。
「あたしは戦いを憎む人々の代表になって戦闘獣と戦うわ」(ジュン)ハーフであるジュンの悩み、それは褐色の肌。励ましてくれる鉄也やシローにさえ反発心を抱いてしまう。そのため、戦闘獣が出現しても混乱して戦えなくなってしまった。自分が戦わなければ、かつての自分のような悲しい戦災孤児がまた生まれてしまうのに。自分の存在理由に迷いながら、ジュンが見つけた答えは・・・。
「へっ、情けねえ声出しやがって!ありがたく思えよ!」(ボス)グレートマジンガーに遅れを取るのはレーダーがないからだと気付いたボスに、謎の科学者集団が接触した。だが設置してもらったレーダーのせいで研究所は電波障害に。ミケーネに騙されたとボスたちが気付いた時には、すでに研究所はミケーネスたちに襲撃され、所内での白兵戦を強いられてしまう。責任を感じたボスは・・・。
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