「早いところ引退した方が幸せだよ」(鉄也)世界ロボット博覧会が、富士山麓で開催されることになった。地獄大元帥は博覧会の乗っ取りを企て、ミケーネスたちに会場を制圧させる。夜明けまでに所長と研究所を明け渡せと降伏を勧告する地獄大元帥は、ボスボロットまで人質に取っていた。鉄也たちは打開策を見出せないまま、戦闘獣・メルクテスと戦い始める。
「所長、よくわかりましたよ。人間、どんな土壇場へ来ても、最後まで希望を失ってはいけないことを」(鉄也)ヤヌス侯爵がボスボロットを倒し、シロー、ムチャ、ヌケの三人を人質に取った。シローたちは逃げ出すが、切断したボスボロットの首ごと捕虜にしたボスを餌に、グレートマジンガーを誘い出すことに成功。海溝の中に閉じ込めてしまう。鉄也は戦闘獣・バブールの攻撃と水圧とに苦しみながら、反撃のチャンスを窺う。
「僕には他の子みたいな楽しい日曜日なんかないんだ!」(シロー)自らの地位を危ぶむアルゴス長官は、ヤヌス侯爵と組んで起死回生の作戦を開始した。戦闘獣・ドメスを差し向けてビューナスAを攻撃。グレートマジンガーにはルバンバとグロッサーを同時に当たらせて追いつめてゆく。助太刀に来たボスボロットとロボットジュニアも、デモニカを指揮する地獄大元帥に捕らわれてしまう。
「シロー、今のお前に必要なことは、じっと寂しさに耐えぬくことだ」(剣造所長)ジュンが大破寸前のビューナスAを操り、火山島要塞からシローやボスたちを救出。剣造も、負傷した鉄也の代わりにグレートマジンガーに乗り込んで出撃した。だが、一斉攻撃を受けて二人は窮地に陥ってしまう。それを知った鉄也は痛みを堪えて病床を離れ、隙をついてブレーンコンドルで脱出した所長と入れ替わる。
「お父さん、みんなが力を合わせたから戦闘獣に勝てたんだね」(シロー)ビューナスAの働きを認めようとしない鉄也に、ジュンが反発。両者の間に亀裂が生じてしまった。チームワークの乱れを待っていたかのように、スカラベス将軍の操る戦闘獣・バトラーズが出現。バトラーズの電磁ビームによって搭載されたコンピューターを狂わされ、グレートマジンガーはボスボロットを攻撃してしまう。
「今の君は、戦う前から敵に敗れている!」(剣造所長)浜川博士には陽一という10才になる長男がいた。負けん気の強い陽一は、鉄也がグレートマジンガーのパイロットだと知ると、自分も一緒に戦わせてくれと熱心に頼み込む。彼の意気込みには理由があった。放射線事故に遭ったせいで余命わずかと診断され、残された人生を必死に生きようともがいていたのだ。
「ジュン、君を死なせるわけにはいかないじゃないか!」(鉄也)スクランブルダッシュをしのぐ新兵器・グレートブースターが完成した。マッハ4の超高速で飛行し、それ自体で攻撃することも可能なマシンだ。パワーアップされるのはグレートマジンガーばかり…不満なジュンが挑発的な言葉をかけたせいで大喧嘩になり、彼女と鉄也は仲違いをしたまま戦闘獣との戦いに突入する。
「久しぶりにさやかとデートできると思ったのに、残念だな」(ボス)アメリカからの旅客機が胴体着陸をして負傷者を出した。病院に運ばれた者の中には、何と弓さやかが含まれていた。留学中の彼女がなぜ急に帰国の途についたのか、剣造にも理由はわからない。しかも事故の影響で記憶喪失になっているらしいが、剣造が精密検査をしようとすると、怪しいそぶりを見せ始める…。
「自分で招いた危機は自分で吹っ飛ばして見せろ!」(剣造所長)シローが待ちに待った日がやって来た。休暇を取った剣造と、初めて親子水入らずの旅行に出かけるのだ。だが、ヤヌス侯爵の操る戦闘獣・ガンサーが襲来し、グレートマジンガーと交戦状態に突入する。剣造を狙った暗殺部隊まで出現。危機を知った剣造は、渋るシローに平和を守る使命の重さを解いて休暇を切り上げる。
「今度のような恐ろしい戦いがあると、本当に平和の尊さがよくわかるわ」(ジュン)シロー憧れの女性教師・森山優子がヤヌス侯爵にさらわれ、戦闘獣・マリゲラの内部に取り込まれてしまった。さすがのグレートマジンガーも人質を取られては手も足も出ず、隙をついて攻撃しようとするとロボットジュニアやボスボロットに阻まれる始末。打つ手なしの状況を救ったのは、開発中のX線レーザー発生機だった。
「ボスボロットが倒れたら、すべてが終わってしまうんだ!」(ボス)研究所内で爆発が発生。ヤヌス侯爵が兜甲児の贈り物に見せかけて、パイナップル爆弾を送り込んできたのだ。間髪を置かずに戦闘獣・ギュラソスが襲来。勇敢に立ち向かったのは、自分が最後の防衛線になると意気込むボスボロットだった。傷付き大ダメージを食らいながらも、ボスボロットは気力でギュラソスに食らいつく。
「あなたは何を夢見てその青春を燃やしているの?」(ジュン)不良少年の信一郎は、ジュンと同じ孤児院の出身。今でこそ荒んでいるが、本心では平和を愛する心優しい少年だった。彼は世界平和を実現させるため、あえてミケーネの一員になって人類との架け橋になろうと試みる。だが無情にも、単なる手駒として戦闘獣に改造されてしまう。騙されたことを知った信一郎は…。
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