甲児はTFOと新型円盤を同時に失ってしまった。ボスは落ち込む親友を元気づけに行くため、ベガ星連合軍のスパイに盗み見されているとは知らないまま、新たなアイテム・ボススペイダーの制作に励む。そうして甲児はボスの分身とも言うべきボロットを貸し与えられ、スパイの報告を受けて現れた円盤獣に立ち向かう。
ズリルが蜃気楼発生装置を開発し、実体のない円盤獣を出現させた。出撃したグレンダイザーは、目の前の敵がまさか幻だとは思わずに翻弄されるばかり。しかも地上には、いつの間にかフリード星そっくりの都市が出現していた。そこにはフリード王妃に扮したコマンダーマリーネが、大介を待ち受けていて…。
ズリルはグレンダイザーの致命的とも言える弱点を発見した。飛行能力を持たないグレンダイザーは、それを補うスペイダーとの合体に6秒もの時間を費やしてしまうのだ。ズリルは円盤獣ザリザリを派遣。ザリザリはズリルの指示に従い、スペイダーとの合体時間を狙ってグレンダイザーに痛恨の一撃を加える。
ベガ大王の勅命を携え、コマンダーガウスがスカルムーンに派遣されてきた。一匹狼のガウスは、出迎えを無視して傍若無人な態度を取る。彼には深く心に秘めた決意があった。ベガ連合軍に侵略された星を故郷に持つ彼は、自由と引き替えにデュークフリードを倒す任務を引き受けたのだ。与えられた期限は、わずか三日…。
震源が移動する謎の地震が発生。報告を受けた大介は、震源の移動先で吾郎たちが野球をしていると知って救出に向かう。地震を起こしているのは、地中から宇宙科学研究所の位置を探っているコマンダービートルだった。グレンダイザーを地中深く潜らせた大介は、モグラタイプの円盤獣と遭遇して交戦状態に入る。
スカルムーンに接近していた巨大隕石を、新たに派遣されてきた親衛隊員・コマンダージグラの円盤獣が打ち砕いた。戦闘のエキスパートとも言うべきコマンダージグラは、スペイザーとの合体および分離に時間がかかるというグレンダイザーの弱点を、徹底的に突こうと試みる。だが、大介たちは充分に対策を練っていた。
ベガ星連合軍のエネルギー供給を支えていたベガトロン星が、巨大新星に飲み込まれて消滅した。このままではエネルギーの枯渇によって連合軍全体が壊滅してしまう…。ズリルは窮地を打開するため、地球の超ウランを略奪する計画を立案する。大介は計画を阻止するため、無事を祈るひかるを残して戦場へと赴いてゆく。
ベガ星連合軍との戦闘は激化の一途を辿っていた。本来は戦闘要員ではないひかるも、グレンダイザーの力になろうとトレーニングを積んでいる。甲児が光量子を回収する任務の途中で円盤獣に襲われ、迎撃に出た大介もピンチに追い込まれると、ひかるはダブルスペイザーに搭乗し、グレンダイザーとのドッキングを試みる。
円盤獣出現の報告を受け、グレンダイザーとダブルスペイザーが出撃。研究所がガラ空きになった隙に、突入部隊が占拠を狙って奇襲攻撃をしかけてくる。偶然にも研究所に残ることになったひかるは、たった一人で突入部隊を食い止める決意を固める。武器は片手に握りしめた銃ひとつ、頼れる者は誰もいない。
海底火山の噴火によって、ベガ星連合軍に超ウランの存在が知られてしまった。現場に急行したダイザーチームは、超ウランを備蓄したタンクの回収には成功するが、海底に鉱床が眠っていることをガンダルやズリルに気付かれてしまう。海底へ向かう敵を追ったグレンダイザーは、不利な戦闘に引きずり込まれて危機に陥る。
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