ベガ大王は、放射能に汚染されて生物の住めなくなったベガX3号星を地球にぶつけ、人類を滅亡させようと思いついた。これを阻むためには、ベガX3号星に核爆発誘導ミサイルを撃ち込む以外にない。グレンダイザーはベガ星連合軍と決死の攻防戦を繰り広げながら、何とか任務を成功させようとするが…。
ベガ星の鉱山が爆発事故を起こし、漏れ出したベガトロン放射能が惑星全域に広がり始めた。ベガ大王は星を見捨てることを決断。一般市民は置き去りに、軍人たちだけを連れてスカルムーンに居を移した。新たな母星にするため地球を必ず征服しようと、ベガ大王は円盤獣を上回る戦闘能力を誇るベガ獣を出撃させる。
グレンダイザーはベガ獣・キングゴリに片腕をもぎ取られ、ひかるを人質に取られてしまった。大介は甲児にグレンダイザーを託し、腕の修理を依頼。高層ビルに登ったキングゴリから、ひかるを救出することに成功する。一方、スカルムーンでは、ガンダルとズリルがダントス防衛長官の指揮下に入るよう命じられ…。
ガンダルとズリルに、地球上に前線基地を建設するよう命令が下された。ベガ獣を与えられたガンダルは、地球への攻撃を開始。大介たちはベガ獣に振り回され、ガンダルから目を離してしまう。ガンダルはその隙に、日本海溝へと深く潜航してゆく。彼の目をつけた基地建設予定地は、深海の底にあったのだ。
海底基地建設の資材を集めるため、ベガ星連合軍の部隊が隠密行動を開始した。津波を起こして臨海工業地帯を破壊し、ガレキを持ち去るという作戦だ。災害の報せを受けたダイザーチームは現地に飛ぶが、まさかそれがベガ星連合軍の仕業だとは夢にも思わない。調査を受けていた甲児たちは、突然の攻撃を受けてしまう。
ベガ星連合軍の地球潜入を察知したダイザーチームは、監視衛星・スペースアイを打ち上げる。衛星は早速威力を発揮し、自信を得た宇門博士は、各国がスペースアイを打ち上げることを国際会議で提案しようと考える。ところが支持してくれるはずのシュバイラー博士は既に敵の手に落ち、出席したのは真っ赤な偽者だった。
カブトムシの“ブドブド”を飼っているキヨシ少年。彼の夢は、ブドブドが巨大怪獣になって暴れ回るカッコいい姿を見ることだ。ズリルがその夢を利用しようと思いつき、キヨシ少年に催眠術をかけてベガ獣に改造したブドブドを操らせようと企む。東京にやって来た甲児とマリアを捕らえるための巧妙な作戦だ。
ベガ軍は偽グレンダイザーを仕立て、デュークフリードに化けた兵士を乗せて出撃させた。敵襲来の報せを受けた大介はグレンダイザーで宇宙空間に飛び出すが、小型隕石の発する強い磁力に囚われてしまう。やがて基地に帰還したグレンダイザーは真っ赤な偽者。地球の支配者を名乗り、市街地を占領してしまう。
ベガ星連合軍のダギル隊長は、グレンダイザーに倒された親衛隊員たちの息子を集め、少年コマンド隊を結成した。彼は地球人が洗脳されていると少年たちに嘘を吹き込み、グレンダイザーとの戦いは地球人のための解放戦争であると偽りの大義を信じ込ませる。純粋な少年たちは、疑うこともなく勇んで戦場へ出向いてゆくが…。
ズリルが考案した“ラットラット作戦”は、ベガ獣化させた大量のネズミに爆薬液を注入し、あらかじめ起爆装置を取り付けたターゲットに向かって突進させるというものだった。東京タワーを爆破するとのズリルの犯行予告を受けて、ダイザーチームは爆発物の徹底捜索を行うが、まさかネズミが爆弾だとは夢にも思わず…。
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