「父さん、教えてくれ。俺の身体にはどんな秘密があるんだ?」(宙)ビルドベースの所在地が、ヒミカに発見されてしまった。度重なる出動に疲れのたまった宙は、美和に苛立ちをぶつけ、ドンたちの乗った船も突如として発生した渦巻きに呑み込まれてしまう。助けに向かった宙は、湖の底で謎の物体に遭遇。ふとしたきっかけで、自分の身体が本当に人間のものなのか疑問を抱く。
「これで俺の身体が不死身かどうかためしてやる」(宙)自分は本当に不死身の肉体を持っているのか?宙は疑問の答えを見つけるため、ハニワ幻人ゴウラーの誘き寄せ作戦にあえて引っ掛かることにした。ゴウラーを操るアマソの目的は、宙を捕らえ、ジーグのいない間にビルドベースに攻撃をしかけること。彼の思惑通り、守りの手薄なビルドベースは窮地に陥ってしまう。
「対立するものがある限り、それをなくすのが私の任務です」(ボース)ヤマタノオロチが旅客機を襲い、搭乗していたボーズ博士を邪魔大王国に連れ去った。博士は東京で開催される世界平和会議で、議長を務めることになっていた。ヒミカは博士の口を通して、自分こそ現代日本の征服者であると宣言しようと企んだのだ。博士は自らが仲介人となって、和平への道を探ろうとするのだが…。
「サイボーグでも心はあるでしょう?それで充分じゃないの!」(美和)宙は自分がサイボーグであることを知った。衝撃を受けた彼は、自暴自棄になって戦意を喪失。幻魔要塞が出現しても出撃しようとせず、やむなく美和がビッグシューターで立ち向かう。ハニワ幻人バラバに捕らわれた宙を助けようと、ドンとパンチョはメカドンで奮戦。仲間達の頑張りに、宙は戦うことの意味を見出す。
「パンチョ、美和ねえちゃん好きなんでしょ」(マユミ)メカドンに飛行能力を持たせようと、ドンとパンチョが熱心に改造作業を進めていた。だが、努力の甲斐なく失敗ばかり。腹を立てたドンは、とうとうパンチョをクビにしてしまう。一方のヒミカは、ハニワ幻人ロイサを送り込み、美和に大怪我を負わせた。美和のことが好きなパンチョは、メカドンで仇討ちすることを誓う。
「俺はマシンになりたくない…ロボットにはなりたくない!」(宙)サイボーグであることを受け入れたはずの宙だが、未だ癒えない心の傷は、毎晩のように彼に悪夢を見せていた。人間ではない自分は、戦うだけの機械でしかないのか?苦悩は迷いを生み、現れたハニワ幻人ダイラに苦戦を強いられる。彼に再び闘志を与えたのは、故郷の村を救おうとする、ある少年の願いと勇気だった。
「鋼鉄ジーグより強い、メカドン2号を作りたいんですよ」(ドン)ドンとパンチョはジーグに勝つために、大利博士に頼み込んでメカドン2号を建造してもらうことにした。突貫工事で完成間近、ロボット工学の権威だという大倉博士が現れ、メカドン2号にはエネルギー増幅装置が必要だと断言する。ドンとパンチョはその言葉を真に受け、ビッグシューターから増幅装置を外してしまった。
「ビルドベースの最後だ、覚悟するがよい」(イキマ)マシンファーザーを攻撃から守るべく、ビルドベースでは瞬間物体移動装置の開発が進められていた。だが、ヒミカの放ったハニワ幻人ヌメメが、既にビルドベースへの侵入を始めていた。妖しい狐火と共に現れるアメーバのようなヌメメには、どんな攻撃も通用しない。打つ手なしのまま、宙の前にはヤマタノオロチが現れる。
「あたしを逃がしてくれるの?…」(美和)女王ヒミカは、かつて邪魔大王国一の勇者といわれたタケル将軍を蘇えらせた。亡き妻のそばで安らかに眠りたいという将軍の申し出は聞き入れられず、自らをハニワ幻人と化してビルドベースを攻撃することになる。ところが、ビッグシューターで出撃してきた美和を一目見た途端、彼はなぜか攻撃をやめてしまう。
「ジーグの馬鹿、あんたなんかだいっきらいよ!」(マユミ)公園で遊んでいたマユミの前に、ハニワ幻人が出現。親友であるトコちゃんのペットが大怪我を負わされてしまった。マユミは必ずジーグが助けに来てくれると信じていたが、鋼鉄の巨人は最後まで現れず、彼女は心に深い傷を負ってしまう。強くて頼もしいジーグに、マユミは父親のイメージを重ねていたのだ…。
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