「あの子はジーグに救いを求めている。ジーグなら絶対に父親を助けて出してくれると信じきっているんだ」(宙)ジーグを自らの手で倒すべく、ヒミカが作戦をしかけてきた。ハニワ幻人ラセツを使い、異常な磁気反応が起きている火山口へ誘い込もうというのだ。異変を察した司馬博士の指示で難を逃れるが、今度は旅客機の乗客を人質に、火山口へ来ることを要求される。人質の息子の祈りを背負い、宙はラセツの待つ火山島へ向かう!
「メカドンは男だ、やってやるぜ!」(ドン)伊勢湾で怪しい竜巻が発生し、付近を航行中の船舶に被害が続出する。ビッグシューターで調査に出た美和は、竜巻の中に潜んでいたハニワ幻人ギララに攻撃されて意識を失ってしまう。救出に向かった宙も、待ち構えていたヤマタノオロチに捕まってしまった。ビルドベースに迫るギララの魔手。最後の頼りはメカドンだけだ。
「父さんは罪のない人達を巻き添えにしても平気なのかよ!」(宙)ミマシがマユミたちの乗ったフェリーを占拠、マユミたちは船倉に閉じ込められてしまった。ミマシは一時間以内に銅鐸を渡さなければ、乗客もろともとフェリーを爆破すると脅迫してくる。宙は人の命と銅鐸のどちらが大事だと父に迫るが、一番辛いのは博士だと美和にたしなめられ、自らの手で乗客を助ける決意をする。
「ビルドベースにとんだ濡れ衣を着せやがって…許せねえ!」(宙)人々が何の前触れもなく、突如として凶暴化する事件が発生した。ビルドベースから流れ出した毒物が原因だと報道され、怒った市民たちが押しかけてくる事態になってしまう。調査に向かった宙は、敷地の南側に面する木だけが枯れていることに不審を抱き、毒を垂れ流していたのがハニワ幻人ドゲラであることを突き止める。
「宙!自分を取り戻してちょうだい。母さんのことを思い出して!」(母)ラリーに参戦した宙は、母・菊江の誕生日に勝利を捧げようと張り切るが、突然現われたハニワ幻人ダイマに襲われてしまう。神経回路を狂わされた彼は、まるで人が変わったようになってしまった。ヒミカの念力によって操られるまま逃亡すると、母を人質にして銅鐸のありかを教えろとマシンファーザーに迫る。
「司馬宙が死ねば、鋼鉄ジーグも死んだと同じことになる」(イキマ)司馬家の台所が苦しいことを知ったチビは、迷惑をかけるわけにはいかないと家を出てしまった。それを知った宙は必死になってチビを捜しだすが、待ち伏せていたハニワ幻人・ガロスの矢で大怪我を負ってしまう。一方、宙が生きていることを知ったヒミカは怒り、なんとしても命を奪うため再びガロスを差し向けてくる。
「これが俺の新しい姿・・・今までの身体とはまるで違うぞ」(宙)父の命令で特訓に打ち込む宙は、心身の限界を超えて倒れてしまった。連れて行かれた病院は、ヒミカの命を受けたイキマたちによって占拠されていた。宙は痺れ薬を飲まされて窮地に陥るが、駆けつけた美和の活躍で脱出に成功。イキマとミマシを相手に戦いながら、父の声に導かれるまま、新たな変身を遂げる!
「銅鐸さえもらえば、お前に用はない」(ヒミカ)銅鐸の隠し場所を、ついにヒミカに知られてしまった。宙は相手の攻撃を待つのではなく、こちらから邪魔大王国を攻めようと提案。だが、司馬博士は、相手の戦力が性格につかめていないことを理由にそれを一蹴。諦めきれない宙は、命令を聞かずにビッグシューターで出撃し、銅鐸の発見場所である九州へ向かう。
「いよいよヒミカの本拠地へ乗り込む時が来た」(司馬博士)新兵器の開発によって、ジーグはパワーアップに成功。いよいよヒミカの本拠地である邪魔大王国へ乗り込むことになった。日本の未来を賭けた戦いを前に、ビルドベースの面々は勝利のために一丸となっている。だが、ヒミカは念能力を使って銅鐸の謎を解読していた。封印を解かれた竜の入口から、新たなる敵が姿を現す。
「お母さんのことを思い出したのよ。行方知れずのお母さんのことをね」(菊江)菊江から着物をプレゼントされた美和は、幼い頃に生き別れた母のことを思い出していた。その美和の姿が見えなくなった。彼女は遊園地へ出かけ、ハニワ幻人・モドキに捕らえられていたのだ。モドキは美和そっくりに化け、ジーグに恐ろしい仕掛けを施す。宙は何も知らないまま、敵襲来の報せを受けて出撃する。
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