ハニーは自分を憎む聖羅に、共に生きてゆこうと真心から訴える。だが、聖羅はミスティハニーに変身し、青児を人質に取って最後の対決を迫ってくる。青児はハニーの正体を知り、現れたプリンスは残酷な事実を明らかにする。ハニーと聖羅は空中元素固定装置の造り出した新生命体、つまり人間ではないというのだ。
二つの空中元素固定装置は、如月博士とプリンスが競って開発していたものだった。不完全な方の装置をプリンスが実用化したことで聖羅が生み出され、偽りの記憶と憎しみを植え付けられた彼女は、ハニーと戦うための道具に変えられたのだ。真実を知って絶望した聖羅から、ダークパンサーが出現する。そして…。
聖羅はハニーの目の前で炎の中に消え、空中元素固定装置が形見に残された。ダークパンサーに刺された父も既に事切れている。残酷にも姉妹の心を弄んだプリンスに、ハニーは怒りに震えながら剣を繰り出す。青児は彼女のあまりにも痛々しい姿を見て、「自分にもハニーのために何かできるはず」と立ち上がった。
パンサークローは着々と復活を遂げつつあった。一方のハニーは、もう誰も戦いに巻き込みたくないと思い詰め、生活の場をひそかに青児の事務所に移そうと考えていた。それを知った夏子は引き留めようとするが、ハニーに自分こそキューティーハニーだと打ち明けられると、ショックを受けて寮を飛び出してしまう。
焼け落ちた寮の跡地で、ハニーが不思議な小動物を拾った。彼女はその動物を“ダンダン”と名付け、ペットとして可愛がることに。ところがダンダンのせいで、ハニーたちの通学バスがゴーゴンクローに狙われてしまう。激闘の末にゴーゴンクローを退けたのも束の間、ダンダンが突如としてハニーに牙を剥いた。
パンサークローの怪人・エレクトリックパンサーが、世界一高価なルビーとして有名な“アメリカの女王”を強奪した。取り戻した者には500万円の報奨金が支払われるらしい。寮再建の資金を稼ごうと、ハニーと青児は捜査に乗り出す。意気込む二人のもとに、パンサークロー幹部・スカッドパンサーからの挑戦状が届く。
聖チャペル学園のOB・望月達彦は、“神風”と呼ばれるレーサー。彼の出場するレースが間近に迫ったサーキットで、パンサークローが暗躍を始める。察知したハニーと青児が、事件を未然に防ごうと行動を開始。ところが、正体不明のレースクイーンを追った青児が捕らわれ、レース開始直後に大事故が発生してしまう。
中近東で暴れまわるスカッドパンサー。“砂漠の悪魔”と恐れられる彼女には、ひとりの幼い女の子を助けた過去があった。その女の子と出会ったのは、悲惨な殺戮が日常茶飯事となっていた泥沼の戦場だった。出逢いによって、パンサークローの心の中に不思議な感情が芽生えた。しかし、女の子は殺されてしまい…。
聖チャペル学園の理事長邸から、地図と古文書が発見された。どうやら財宝のありかを示すものらしい。ハニーたちは鼻息も荒く、お宝が眠るというジャングルに足を踏み入れる。しかし行く手には、凶暴な食肉植物や落とし穴など危険がいっぱい。後をつけるパンサークローも手を焼く、とんでもない困難が待ち受けていた。
商店街の福引きで、ハニーが豪華賞品を引き当てた。夢の列車バイオレットトレインで旅する、3泊4日のツアーだ。しかし怪人カッタークローが現れ、暴走する列車に時速100キロ以下になるとスイッチの入る爆弾をしかける。ハニーは機転を働かせてパニックを防ぎつつ、夏子たちと協力して爆弾の捜索に取りかかるが…。
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