「あいつは歩む道を誤ってしまったんだ…」(鉄也)研究所は暗黒大将軍に降伏。しかし鉄也だけはあきらめていなかった。彼はわずかな隙をついてグレートマジンガーにドッキングすると、大将軍に痛烈な一撃を食らわせる。研究所は息を吹き返し、海から攻撃してくるヤヌスの火山島要塞に応戦。進退窮まったと知った大将軍は、グレートマジンガーに一騎打ちを挑む。
「俺はこのチャンスにすべてを賭ける!」(鉄也)ハルナが持ってきたカナリヤを見て以来、鉄也は激しい頭痛を伴う謎のイメージに苛まれるようになった。恐ろしい鷹が少年を襲う光景が、断続的に脳裏にちらつくのだ。幼い頃に鷹を飼っていた鉄也には、カナリヤをペットにしていた親友がいた。そして二人の間には、忘れようと務めてきた哀しい記憶が横たわっていた。
「相手は作戦的に変わってきたようだ」(剣造)壮絶な最期を遂げた暗黒大将軍に替わり、アルゴス長官が七大将軍の指揮官に任命された。これまでの戦闘データを分析した長官は、グレートマジンガーの弱点は脚だと判断する。そこで戦闘獣・ハーピイとダンドールを出撃させると、グレートマジンガーの両脚を切断。スクランブルダッシュの翼まで破壊してしまう。
「少しでも早くグレートマジンガーは戦う必要がなくなって、ロボット博物館へでも飾られるようにならなくちゃいかんのだ」(剣造)アルゴス長官の就任以来、敵の戦い方は明らかに変わってきた。対策を練る研究所は、新兵器であるニー・インパルス・キックとバックスピン・キックの開発に着手。急ピッチで作業を進め、ついにグレートマジンガーの強化を完了させた。鉄也は新兵器を搭載したグレートマジンガーで、戦闘獣・ドルマンを迎え撃つ。
「やいボロット泣くな!お前が泣くと俺まで哀しくなるじゃねえか」(ボス)シローが事故に遭ったとの電話が入り、鉄也は一人で現場に向かった。ところが事故などどこにもなく、かわりにアンドロイド型戦闘獣・キャットルーの軍団が待ち伏せていた。彼らはムチャに偽電話をかけさせ、罠を仕掛けていたのだ。鉄也は攻撃を受けて意識を失い、ボスボロットまで別働隊に乗っ取られてしまう。
「グレートマジンガーがジョンを殺したのよ!」(カオリ)アルゴス長官の上に立つ新たな総指揮官が着任した。その名は地獄大元帥。かつてマジンガーZに滅ぼされたドクター・ヘルが、闇の帝王の力で復活したのだ…。その頃、研究所の鉄也は頭を抱えていた。カオリという少女の愛犬を戦闘中の事故で死なせてしまい、いくら謝罪しても聞き入れてもらえない。悩み抜いた彼は…。
「ジュン以外の女性に逢えるなんて楽しみですよ」(鉄也)アメリカからカレンという女性が来日することになった。彼女は甲児とさやかの研究員仲間。そのことを知ったヤヌスは、キャットルーをカレンと入れ替わらせて潜入させ、研究所を制圧しようと企てる。だが、食事中の様子を見た鉄也が不審に思ったことから計画は発覚。研究所内でキャットルーとの白兵戦が始まる。
「グレートマジンガーは俺の命だ!」(鉄也)地獄大元帥がグレートマジンガー強奪作戦を開始した。戦闘獣ドルモスを放った大元帥は、ブレーンコンドルが合体する一瞬の隙をついて、とうとう機体を奪い取ってしまう。鉄也の受けた衝撃は大きかった。焦燥感を募らせる彼は、ジュンやボスらの協力を得て奪還作戦を開始。大元帥のいる火山島に総攻撃を加える。
「ライガーン将軍、貴様、よく生き恥かいて帰ってきたな!」(地獄大元帥)地獄大元帥は、ミケロスで研究所を直接攻撃する作戦に打って出た。迎え撃つ研究所側は巨大要塞の動きを封じる磁力線の開発を進めていたが、完成の直前にミケロスは現れてしまう。グレートマジンガーが足止めを食わせて時間を稼ぎ、ようやく準備完了。だが、停止したミケロスは研究所の頭上から直接爆弾を投下し始める。
「なんのためにこんな事をするのか…私は土建屋じゃないよ」(ヤヌス侯爵)戦闘獣・マミレスが出現。瞬間移動を駆使する変幻自在な攻撃に幻惑され、グレートマジンガーはヤヌス侯爵の立てた巨大な十字架に磔にされてしまった。とどめを刺そうと迫るマミレスに抵抗する術は、ブレストバーンを空しく放つより他に残されていない。狂喜する地獄大元帥は、新要塞・デモニカを繰り出すが…。
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