夜、OLの中島亜里紗とトリュンペルマン・スーザンが米妙寺へ続く石段を歩いていると、全身を青白く光らせた異形の生物が出現。その生物は宇宙人と名乗り、亜里紗は笑いながら宇宙人とスーザンが並ぶ動画を撮影する。その時、石段の上の方から「宇宙人だ」と驚く男性の声が聞こえてくる。
小五郎は鳥海コンツェルンの御曹司、鳥海から失踪した婚約者、元子の捜索を依頼される。小五郎とコナンが捜査をすると、3日前の夜に元子は大家に引っ越しする事、会社の上司に仕事を辞める事を電話で伝えていた。聞き込みは順調に進み、コナンたちは最後の接触者と思われる老人のしげみに会って話を聞く。
小五郎が人気アイドル歌手リサのボディガードを頼まれ、コナンと蘭はライブを鑑賞する。そしてライブ開始直後、仮面を被った2人組がリサを誘拐しようとする事件が発生。混乱の中、同じコスプレ姿の蘭がリサに間違われて誘拐される。小五郎とコナンは犯人を追うが途中で見失って…。
蘭が人気アイドル歌手リサに間違われて誘拐される。犯人の竹山と伊原のアジトにはリサとグルになって誘拐を仕組んだSNSのやりとりが残っていた。だが、コナンはリサになりすました別の共犯者がいると睨む。
小五郎、コナン、蘭は温泉帰りに台風に遭遇し、セールスマンの穂刈、工場経営者の武上、バックパッカーのカール、議員秘書の紀子、近所に住む老人のふね、駅長の稲垣、駅員の雅子という7人と駅で一晩過ごす事に。小五郎は駅の温泉から出た後、上着のポケットに紙切れが入っている事に気付く。
米花金融から3千万円を強奪した宍戸は2時間後に事故死。宍戸は事故前に3千万円をどこかに隠していた。小五郎は曇柄寺の住職、了全から建て替え工事を中止しろと脅迫電話をかけてきた犯人を捜してほしいと依頼される。小五郎は脅迫電話と消えた3千万円に接点があると睨み、様々な推理を展開するが…。
レストランの倉庫でオーナーの飛鳥の遺体が発見され、コナンはソムリエ山田、ウエイター鴻江、ウエイトレス嶺子の中に犯人がいると睨む。目暮警部は第1発見者の比護とヨーコへの疑いを強める。コナンは飛鳥が寝ていた時にかけていた毛布の不審な点に気付き、嶺子たちの証言を思い出して事件の真相に近づく…。
豪雨の中、コナンら少年探偵団はトイレを借りるため、森にある洋館を訪ねる。コナンは館にいたアニキとノッポと話して2人が住人ではなく強盗だと気付く。探偵団はナイフを持った強盗2人から逃げながら縛られた住人の雨宮真樹を救出。コナンたちは真樹と一緒に家の中を逃げ回る。夫の雨宮翔はどこにいるかわからなかった。
小五郎、コナン、蘭は海と池が繋がり、潮の満ち引きで景色が変わる公園にやってくる。コナンは潮が引いて現れた沈下橋に倒れている男性を発見。遺体の首には絞められた痕があり、小五郎は事件と事故、両方の可能性を探る。公園管理人の丹波は朝の引き潮の時、遺体はなかったと証言して…。
小五郎、コナン、蘭は事故の現場に遭遇する。八木沼が立体駐車場の非常階段から転落して絶命したのだ。階段の上にいた美咲は八木沼が襲ってきたと証言。1週間前、美咲の自宅に侵入した八木沼は美咲の夫、滝沢彰を殺害し、金庫から1億円相当の宝石を強奪。小五郎は八木沼が口封じで美咲を襲ったと推理するが…。
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