高級住宅街にある公園で迷惑男の天城の遺体が発見される。遺体の傍らには血痕が付着した町内会長、番藤の診察カードが落ちていて、目暮たちは番藤の自宅に話を聞きに行くが…。番藤は酒に混ぜた農薬を飲んで服毒死していた。高木刑事と千葉刑事は番藤が天城を刺殺後、観念して自決したと推理するが…。
刺殺された迷惑男の天城の遺体が発見され、容疑者の町内会長、番藤も農薬を飲んで自決。番藤が天城を刺殺後、観念して自決したと思われたが…。今度は番藤の自宅で発見された遺留品から大学講師の千野が2人を殺害した容疑者に浮上する。だが、コナンは不可解な点に気付き、真犯人が千野をハメたと睨む。
雲丸山を登山するコナンたちは宿泊する山小屋で栄子、芦塚、林田、岳美と知り合う。4人は3年前に事故で転落死した登山サークルの仲間、元木の命日で集まっていた。翌朝、1人だけ崖下のテントで寝ていた岳美が殺害された状態で発見される。夜中に近くの山にデータを取りに行った気象観測所員の林田が犯人と疑われるが…
小五郎は空き巣の犯人を捕まえてほしいと純子に依頼される。その時、マンション裏の駐車場で純子の隣りに住む北上の遺体が発見される。小五郎は北上が自宅の704号室から泥酔して転落死した事故と推理。目暮警部たちは704号室を調べ、コナンは防犯対策が万全だった北上が玄関の鍵をかけていなかった事に疑問を持つ。
不動産社長の樋山は阿笠が開発したハサミを持ったまま殺害され、コナンと沖矢は阿笠に同行して現場にやってくる。第一発見者は元駄菓子屋の仙波。この事件は被害者がハサミを持っていた点、現場の蛇口が開きっ放しだった点など、17年前の未解決事件に酷似していた。
不動産社長の樋山がハサミを持ったまま殺害される。この事件は現場の状況が17年前の未解決事件に酷似していた。コナンと沖矢は第一発見者の元駄菓子屋の仙波が犯人で間違いないと考えるものの、凶器とそれを現場の離れに持ち込んだ方法まではわからずにいた。この後、コナンたちは玄関のボディーガード2人から話を聞き…
小五郎は霊魂探偵の堀田と対談する事になり、打ち合わせのためにコナンとホテルに向かう。小五郎たちは東都テレビの古栗と合流後、堀田の部屋を訪ねるが応答はなし。午前9時頃、小五郎たちはホテルボーイに鍵を開けてもらって部屋に入る。小五郎はベランダから何者かが逃げる人影を目撃。ベッドでは堀田が絶命していた…。
小五郎とコナン、東都テレビの古栗は霊魂探偵の堀田が宿泊するホテルの402号室を訪ね、逃げる犯人と殺害された堀田を発見する。コナンは402号室のドアを開けた時の事を思い出しながら部屋の気になる所を調べる。コナンと世良はすでに犯人の目星をつけていた。
小久保衛は伯母の小久保直子の自宅を訪ね、殺害された直子を発見する。直子はメイドの恵美と2人暮らし。犯行時刻、恵美は買い物していて家にいなかった。珍しい古書を集めていた直子は古書店主人の狭山から贋物を買っていた事が判明する。目暮警部は衛、恵美、狭山の中の誰かが犯人と考えるが、3人にはアリバイがあった。
首を吊った状態で発見されたミュージシャンの波土。目暮警部は佳苗、布施、梶谷を容疑者と考える。コナンは波土の免許証、蘭の足元に並ぶ証拠品のロープを見てハッとなる。この後、コナンは現場からなくなった物を確認した後、安室、沖矢とステージ上を調べて事件の真相、犯人が被害者を釣りあげたトリックを見破って…。
コナンたちは玉木古書店店主、玉木裕次郎と息子の一朗が言い争う現場に偶然立ち会う。店は老朽化し、一朗は裕次郎に早く店を畳んでほしいと思っていた。後日、コナンたちは古書店の横にある公園にやってくる。この後、コナンたちは古書店の本棚が将棋倒しになっている事に気付く。裕次郎は本棚の下敷きになって倒れていた…
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