なんとかロケットに乗って地球に戻って来たひかるたちですが、ノットレイダーたちも残りのプリンセススターペンを奪おうと追って来ました。強力なノットリガーになった3幹部のパワーの前に、プリキュアはピンチにおちいります。でも、プリキュアの強い気持ちに応えて、4本の『トゥインクルステッキ』が出現しました。そして新たな合体技『プリキュア・サザンクロスショット』でノットリガーを退けます。
ひかるたちの前に映画監督のアブラハムが現れました。実はアブラハムは太陽系を監視するため宇宙星空連合から派遣された調査員で、宇宙人だということがわかったララたちを故郷の星に連れて行くというのです。別れたくないひかるたちは映画に出演し、アブラハムが満足するような演技を見せることになりました。あまり上手な演技はできなかったけど、ひかるたちの心のこもった行動に感動したアブラハムは連れ戻すことをあきらめ、ララたちが地球に残ることを許します。
地球で暮らすことになったララのやりたいこと、それは学校に通うことでした。ワクワクして登校するララ。でも、学校では初めてのことばかりで、すっかり自信をなくしてしまいます。無理をしてみんなに合わせようとするララを見て、ひかるは自分らしくすればいいとアドバイスしました。そのひかるの言葉に自信を取り戻したララは、いつものように学校で過ごすことにします。そんなララをクラスメイトのみんなは温かく迎えるのでした。
えれなの家族は太陽のように明るく、いつも楽しく歌ったりダンスをしたり、笑顔にあふれていました。 でも、ほかの家族と違うことに弟のとうまは悩み、大嫌いだと言って出て行ってしまいます。みんなは心配して探しに行きますが、とうまはノットレイにされて暴れだしてしまいました。しかし、えれな・キュアソレイユの活躍でさそり座のプリンセススターカラーペンを取り戻し、とうまも無事に救い出されます。そして、心がおだやかになったとうまは家族と仲直りしました。
ひかるたちはプリンセススターカラーペンを探しにゼニー星へやって来ました。反応のあるオークション会場にはプルンスも大ファンという宇宙アイドル・マオのおかげで入れたけど、ペンはお宝として出品されてしまいます。まどかの作戦で何とかペンは手に入れたと思ったら、今度は宇宙怪盗ブルーキャットに奪われてしまいました。しかも怪盗の正体はマオだったのです。さらにペンを狙ってアイワーンも現れ、ペンの争奪戦が始まりました。
まどかが弓道の大会に出ることになりました。お父さんのためにも優勝したいと思うまどかですが、ライバルで天才中学生と言われるゆみかは強敵です。そして、ついに二人だけで競うことになりました。まどかを応援するため、ひかるたちはお守りを作って渡します。でも、アイワーンがゆみかを使ってノットリガーを生み出してしまいました。しかし、キュアセレーネの活躍でゆみかは無事に救い出され、ついに二人だけの決勝戦が始まります。
プリンセススターカラーペンを探して、ふたたびゼニー星に来たひかるたちは、ブルーキャットと出会いました。そしてブルーキャットと一緒に、ペンとお宝をかけてドラムスと勝負することになります。館の中はトラップがいっぱいですが、ひかるたちは力を合わせて突破しました。でも、お宝を渡したくないドラムスは、巨人像でお宝を壊そうとします。ひかるたちはプリキュアになって止めようとしますが、そこへカッパードまで現れました。
ひかるのお母さんの漫画が雑誌に掲載されることになりました。でも、急な話でお手伝いできる人がいません。そこでひかるたちが協力して、漫画を描くお手伝いをすることになりました。編集さんに言われて人気が出るよう描いてみたけれど、あまり面白い漫画ができなくてお母さんは落ち込んでしまいます。しかし、昔、ひかるに描いてあげた漫画を見たお母さんは、自分の思った通りに漫画を描きました。その出来に編集さんも満足します。
ひかるたちはプリンセススターカラーペンを探しに惑星レインボーにやって来ました。この星に住んでいた人たちはみんな石になっていましたが、それはアイワーンの仕業だったのです。そしてブルーキャットは、この星に住んでいたレインボー星人でした。ブルーキャットに助けられ、ひかるたちはペンを手に入れ、アイワーンを追い返します。でも、何故かブルーキャットはひかるたちの持っていたペンとフワを連れ、どこかへと消えてしまいました。
ブルーキャットにフワとプリンセススターカラーペンを奪われたひかるたちは、取り返そうとプリキュアに変身しました。でも、ブルーキャットは石になったレインボー星のみんなを助けるため、フワとペンの力を使おうとしていたのです。そこへノットリガーになったアイワーンが襲ってきました。その力の前に倒れるプリキュアたち。みんなを救いたい。その気持ちに応えるかのようにブルーキャットの前に変身ペンダントとペンが現れました。
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