エレキギターをかき鳴らしながら歌うエテモン。そこでは自分こそが最強であるとして譲らないエテモンとボルケーモンが、キング・オブ・デジモンの座を巡り争い続けていた。
DIMカードに記録されていたデータから、ファーガへの道を解析した太一たちは、荒野を走る中、背中に巨大な森を持つデジモン・ペダルドラモンの背中に乗り上げていた。
旅の途中、太一たちは廃棄された古いサーキットに行きついた。そこにはマッハモンという往年のチャンピオン・レーサーがいて、今でも一人孤独にコースを走り続けていた。
旅を続ける太一たちの前に、突然、セフィロトモンという不気味な姿のデジモンが現れた。セフィロトモンの放つ怪しい光により、その体内に吸い込まれてしまう。
水源をめぐって激しく争っている2つのデジモン集団に、丈とゴマモンが別々にさらわれてしまった。救出のためアグモンと太一は二人を探しにいくのだが。
ようやくたどりついたファーガ。しかしそこで太一たちが遭遇したのは、凶悪な究極体デジモン・ムゲンドラモンだった。
太一とウォーグレイモンは本当に死んでしまったのか……。悲しみに暮れる子供たちとデジモンたち。だが、湖から浮上したファーガが近隣山脈の頂上を目指し上昇していく。
ミレニアモン猛威の中、太一とウォーグレイモンの無事を信じて戦う、ヒカリたち選ばれし子供たちとテイルモンたち。そして、太一とウォーグレイモンは諦めてはいなかった。
ミレニアモンとの決戦を乗り越えた太一たちに、ガーベモンから連絡が入った。デジヴァイスに浮かぶ紋章とそっくりなものが、「情報の大樹」という場所にあるという。
デジタルワールドの“巨大な破滅”を回避するべく、子供たちの新たな冒険が始まった。紋章に導かれた旅の道中、太一と空は火山活動が活発な島へと立ち寄った。
パタモンとテイルモンを癒すため、かつて見つけた温泉にやってきた丈とゴマモン。しかし、目当ての温泉は枯れ果て、代わりに巨大な屋敷が建てられていた。
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