小五郎はラジオ番組にゲスト出演し、マンションの真上の部屋に住む女性が非常識だという相談に乗る。数時間後、都内マンションに住む公美は真下の十和子の部屋に怒鳴り込む。公美はラジオで笑い者にしたと憤怒し、十和子も言い返して口論になる。翌朝、十和子の遺体が発見され、目暮警部たちは公美を犯人と疑う。
ラジオプロデューサーの万田と別居中の妻、十和子が殺害される。目暮警部たちは万田を犯人と疑うが、コナンは万田を嫌う犬山、鯨井を怪しいと疑う。だが、楓は2人が万田を陥れるために十和子を殺害する事はないと考える。コナンは理恵から話を聞き、万田が過去に手掛けたラジオドラマが鍵を握ると考える。
裕次郎は出張買取のために明子の自宅を訪問。稀覯本もあったが、入院中の夫のものらしく、裕次郎は買取らず、夫の了承を得てほしいと明子に伝える。夕方、店に現れた沢田は古書が写ったスマホ画像を見せ、いくらになるかと訊ねる。後日、明子の自宅から稀覯本が盗まれる事件が発生。明子は裕次郎が盗んだと疑うが…。
小五郎は脅迫状が届いたという資産家の諸岡から仕事を依頼され、コナン、蘭、安室と待ち合わせ場所の黒ウサギ亭にやってくる。諸岡が執事の深町と現れると、小五郎は脅迫状を確認。脅迫状は「命が惜しくば、黒ウサギ亭に近づくな」という内容だった。この後、バニーガールの有里が酒を飲んで突然苦しみ出して…。
コナンは有里のグラスに毒を混入した犯人は諸岡、深町、紗菜の中にいると考える。目暮警部は3人に事情聴取する。コナンと安室は諸岡のボディガードから話を聞き、諸岡が悩んでいた事実を掴む。この後、深町が1人で有里に会いに来た事実が発覚。紗菜が父親の手術代を必要としている事も明らかになる。
コナンと安室は蘭が拾った有里のつけ爪、小五郎の何気ない一言をヒントに事件の真相を見破る。コナンは目暮に声をかけ、容疑者2人は言動から犯人の可能性がないと伝え、トリックを暴きながら徐々に犯人を追い込んでいく。事件解決後、安室は合鍵を使って工藤邸に侵入。安室と赤井は拳銃を構えたまま対峙して…。
コナンたちは村営昆虫人間牧場がある黒野須駅に降り立つ。村の子供たちは昆虫の仮装をしていた。コナンはカブトムシ姿の小学生から話を聞き、村の森に国立カジノ付きスーパー銭湯を作るという政府の役人の計画が祟りのために中止になった事を知る。コナンはこの村で起きた事件を調査して…。
米花公園で頭をカチ割られた門脇栄二の遺体が発見される。栄二は門脇家にとっては忌まわしい問題児だった。栄二は母親の安子に暴力を振い、兄の優一が栄二を止めていたと近所で噂になっていた。不審な男が門脇家の事を嗅ぎ回っていた事も明らかになる。目暮警部は優一の犯行を疑うが、優一には犯行時刻のアリバイがあった。
公園で門脇栄二が何者かに殺害される事件が発生。その後、門脇家で火災が起きる。コナンと小五郎は元小学校教師の安子の教え子だった高瀬が栄二を殺害したと疑う。コナンは犯行時刻に高瀬がいた居酒屋の防犯カメラの映像を確認し、巧妙なアリバイトリックを見破るが、高瀬が犯人という確証はなく…。
小五郎、コナン、蘭はドッグフードの会社の社長、アンナの誕生パーティーに呼ばれる。パーティー開始直後、アンナは覆面の男に散弾銃で撃たれて絶命。犯人はそのまま逃走する。目暮警部は副社長の稲村、専務の真知子、秘書の森島から話を聞き、アンナの元カレの豹藤が容疑者として浮上。だが、豹藤にはアリバイがあった。
女社長のアンナは覆面の男に散弾銃で撃たれて絶命。その日の深夜には容疑者のアンナの元カレ、豹藤が何者かに殺害される。目暮警部は副社長の稲村、専務の真知子、秘書の森島からもう一度話を聞く。小五郎は稲村が豹藤の共犯者と疑う。コナンはプードルのサリーの行動、稲村たちの証言などから事件の真相に辿り着いて…。
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