コナンたちは化石発掘を体験するため、群馬のロッジ化石館にやってくる。そこにジャーナリストの宮下海果が現れる。海果はこの村で珍しい化石、月のおさがりが発掘されたと知って取材に来たのだ。この後、海果に何か話そうとしていた化石館オーナーの大神がトイレで遺体となって発見されて…
成瀬は恋人の果帆が突然姿を消してしまったと小五郎に捜索を依頼する。この後、橋の上で果帆のスニーカー、写真入りマイナンバーカードが発見され、小五郎は川に飛び降りて自殺したと推理する。コナンは果帆の自殺と3ヵ月前に公園の階段から転落死した女子大生の事故の接点を探るが…。
工藤邸の前にたくさんの報道陣が集まる。新一が紅の修羅天狗殺人事件を解決したと話題になっているのだ。コナンは騒動が鎮まるまで阿笠の自宅に身を潜める事に。放課後、灰原、元太、歩美、光彦は担任の小林に頼まれ、学校を休んだ東尾マリアの自宅を訪ねる。マリアは他界した祖母が遺した宝物を探している可能性が高く…。
灰原、元太、歩美、光彦は東尾マリアを見つけ出すため、マリアの祖母の自宅を訪ね、宝物探しのヒントが書かれたメモの解読に挑む。その頃、工藤優作と工藤有希子は新一の騒動を収束させるために動き始める。この後、優作と有希子はコナンに会いに行き、黒ずくめの組織のボスの正体がわかったと伝えて…。
小五郎は豊子という女性ファンに招待され、コナンを連れて豊子が営むもんじゃ焼きの店を訪れる。もんじゃを食べている時、豊子はもんじゃを喉に詰まらせ、苦しみながらキャベツの芯を吐き出す。豊子は何者かが命を奪おうとして芯を入れたと怯える。豊子が犯人と疑っているのは幼馴染みの英子、京子、友子だった。
銀行に爆弾を仕掛けたというウソの電話があり、銀行前を通りかかった元太や大坪と神楽は騒ぎに巻き込まれてケガをする。半月前にも不発弾の爆発に巻き込まれた神楽。友人の河内山は運の悪い神楽をネタにした写真をSNSにアップして、たくさんの“いいね”を稼いでいた。コナンたちは誰が電話をしたのか調査を開始するが…
コナンたちは爆弾騒動を起こした犯人を捜す。翌朝、大坪の遺体が発見され、光彦は神楽が犯人と気付かれ、口封じのために殺害したと推理。コナンたちは神楽に直撃するが決定的な証拠は掴めない。そして、コナンたちが調査を進めていくと、仲良し3人組の神楽、河内山、遥が三角関係かもしれないという疑惑が浮上して…。
ダム湖で車に乗った由利の遺体が40年ぶりに発見される。40年前に消えた呪いの宝石、ボルジアの涙。当時は由利が持ち逃げしたと噂されたが、車内から宝石は発見されなかった。コナンと蘭は祖母の無実を証明したいという孫の菫に協力し、40年前に制作されたドラマ「私が殺しました」の関係者たちから話を聞くが…。
梅木と共に由利の遺体を発見した水沢は原因不明の火事によって命を落とし、巻き込まれた小五郎も病院に搬送される。コナンは火事の現場の状況から犯人が仕掛けたトリックを見破る。コナンはドラマ「私が殺しました」のラストの映像を見た後、ロケ現場を訪れ、40年前にボルジアの涙が消えた事件の真相にも辿り着く。
米花恐竜館にやってきたコナンたちは恐竜ショーを楽しむ。ショーが終わった直後、突然大きな音が鳴り響く。第二展示ルームでは、巨大な恐竜の化石像の下敷きになって館長の志田が絶命していた。化石像のワイヤーは何者かに切られていたと判明。容疑者はショーの司会者の内藤、事務員の結愛、学芸員の朽木に絞られる。
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