デクたちだけでなく、雄英高校ヒーロー科の生徒たちはそれぞれインターンへ!お茶子と梅雨ちゃんはねじれとともに、ドラグーンヒーロー・リューキュウの事務所へと再び赴く。初日を終え催された歓迎会の最中、違法薬物《トリガー》の秘密工場爆発が原因とされるカフリン国で起こった山火事のニュースが流れ、トリガーを生成する薬品類が無くなっていたという。そこに突如舞い込んできた海難ヒーロー・セルキーから密輸船探索のチームアップ要請!梅雨ちゃんにとっては職場体験以来のセルキーやシリウスとの再会だが、果たして、密輸船を見つけ出すことはできるのか――!?
エンデヴァーの事務所でのインターン活動中のデク、爆豪、轟は、トップヒーローの圧倒的な実力を目の当たりにする日々。最高峰の現場で必死にエンデヴァーの背中を追い、経験を積み上げていく。そんな中、パトロール後にデクと爆豪、轟がエンデヴァーに連れられ向かった場所は、なんと轟家…!?弟の友達に会いたいと、姉・冬美が夕飯を一緒にと呼んだのだ。みんなで食卓を囲むが、兄・夏雄とエンデヴァーの間に走る緊張感などから、デクと爆豪は、轟家がいまだ色々な問題を抱えていると改めて知る。過去を深く反省し、家族の団欒を取り戻そうとするエンデヴァーだったが――。
轟の姉・冬美が主催した轟家での夕食会を終え、エンデヴァーがデク・爆豪・轟を学校まで送り帰す道中、彼らの前に敵<ヴィラン>が立ちはだかる。しかも敵<ヴィラン>の傍らには、先に帰路へついたはずの夏雄が捕らえられている…!自らを“エンディング”と名乗るその敵<ヴィラン>は過去にエンデヴァーが捕らえた男でありながら、そのエンデヴァーに強い憧れを抱いていた。夏雄を人質にとり、エンデヴァーにある要求を突きつけるエンディング。エンデヴァーに続き、デク、爆豪、轟も駆け出す!果たして、無事に夏雄を救い出すことができるのか――!?
インターン三昧だった冬休みを終え、新学期を迎えたデクたち1年A組。新年最初の授業は、冬休みの間に得られた成果や、新たに見えた課題などを共有する「実践報告会」!しかし、そこについさっき教室を訪れた相澤の姿はなく…!?その相澤はといえば、緊急連絡を受け、プレゼント・マイクとともに敵<ヴィラン>犯罪者を収監する特殊施設・タルタロスへと向かっていた。タルタロスで塚内、グラントリノと合流した相澤とマイクは、そこに収監されているある人物と、衝撃の再会を果たす。その人物に隠された秘密とは…?そして、その人物に相澤とマイクは語り掛ける―!
時は遡り10月頃。死柄木たち敵<ヴィラン>連合の前に、謎の巨人が突如現れる。その男こそ、オール・フォー・ワンの忠実なしもべ・ギガントマキアだった。死柄木がオール・フォー・ワンの後継者に相応しいか見極めるためと、襲い掛かるギガントマキア。圧倒的なパワーの前に苦戦を強いられる敵<ヴィラン>連合だったが、そこへオール・フォー・ワンの側近のドクターから連絡が入り、突如彼のもとへ転送される。死柄木に対し、これから何を見せてくれるのかを問うドクター。そして、協力の条件として死柄木が突きつけられたのは、ギガントマキアを屈服させること――!?
ギガントマキアとの戦いの最中、義爛を人質にとった「異能解放軍」最高指導者、リ・デストロから宣戦布告され、敵<ヴィラン>連合一同は泥花市へと赴く。泥花市は、異能解放軍に属する「解放戦士」の解放区となっており、異能解放軍幹部・トランペットの宣言とともに《再臨祭》が開始される!突如、足元が爆発して敵<ヴィラン>連合の面々と引き離されてしまったトガの目の前には、もう一人の幹部・キュリオスの姿が。取材対象としてトガに興味津々で元記者の血が疼く気月は、トガに攻撃と“取材”を仕掛ける。過去を回想しながら、トガの中で爆発する想いとは―!?
敵<ヴィラン>連合と異能解放軍の総力戦が繰り広げられる泥花市。蒼い炎を操る“個性”の荼毘と、氷を操る“異能”の外典が対峙。一方、重傷のトガを見つけたトゥワイスだったが、そこに無数の偽トゥワイスが襲い掛かる!その偽物たちは異能解放軍幹部・スケプティックが“異能”で作り出した操り人形だった。トゥワイスのマスクを剥がしつつ、精神を刺激するため目の前でトガの首を捻り始める。窮地に陥る中、トガを助けたい一心のトゥワイスに変化が…!?そして死柄木は、襲い来る解放戦士たちを“個性”崩壊でこなごなに壊しながら、リ・デストロを目指す。
トゥワイスの「二倍」の“個性”を囮にし、ついにリ・デストロを地上へと下ろした死柄木。いよいよ2人の直接対決が始まる!すると、リデストロは自身にストレスを溜め込んだぶん巨体に変化し強烈なパワーを発揮できる“異能”で死柄木を圧倒する。すると、連合と解放軍の戦闘でひどい惨状となった泥花市の街に、巨大な足音が近づいてくるのだった…!そんな中、リ・デストロに身体を傷つけられていく死柄木の頭に、忘れていた幼い頃の記憶がよみがえっていく。両親、姉、祖父母、飼い犬に囲まれた幼い自分。それがある日、崩れ落ちていく―。
リ・デストロとの死闘の中、死柄木には過去がフラッシュバックしていた。自身と家族に起きたこと、オール・フォー・ワンとの出会い、溢れ出る破壊衝動、「死柄木弔」の名…すべてを思い出し、覚醒する死柄木!その姿を見たリ・デストロは、不思議な感覚に陥る。死柄木を中心に泥花市の住宅街が次々と崩壊していき、デトネラット社特製のスーツに身を包んだリ・デストロさえも追い詰めていく。眠りから覚め、解放戦士を弾き飛ばしながら死柄木の元へ向かっていたギガントマキアが見たものとは――。敵<ヴィラン>連合VS異能解放軍、全面戦争ついに終結!
最高峰の現場であるエンデヴァー事務所でのインターンに明け暮れた冬休みを終え、雄英高校1年生としての3学期を迎えたデク。オールマイトにその成長ぶりを披露し、その後オールマイトと爆豪と共に歴代のワン・フォー・オール継承者の秘密に迫る。覚醒し、リ・デストロを屈服させ、10万以上の数を誇る異能解放軍を掌握した死柄木は、「超常解放戦線」を束ねる存在として君臨。全てを壊すための更なる力を得るため、ドクターの用意した“地獄の4か月”の眠りに入る。ヒーローと敵<ヴィラン>の戦いは、新たな、そして壮絶なるステージへ――。
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