投資会社社長の土田にボディーガードを依頼された小五郎は、コナンと共に様子を見に行く。投資の内容は詐欺まがいで、そこには怒り心頭の顧客たちがいた。小五郎が依頼を断って帰ろうとしたところ、悲鳴が聞こえる。駆けつけると、そこには土田が倒れていた……。
公園にバードウォッチングにやってきたコナンたち少年探偵団。推理力向上のために双眼鏡で川の対岸の人間観察を始める。職業あてをして遊んでいたところ、変装した高木刑事たちが張り込みをしていた。どうやら、誘拐事件の現金の受け渡しが行われているようで……。
小五郎のもとに「大切なブローチを盗まれた」という女性・香苗がやってくる。犯人に指定された公園に向かう小五郎と香苗だったが、そこでも場所の移動を指示される。移動中も危険を感じ、小五郎は香苗が命を狙われている可能性を考えるが……。
小五郎のもとに高木刑事たちがやってきて、最近頻発している“おかしな事件”について話し始める。それらの事件の証拠品には必ず“事件のプロット”があったのだ。そこから犯罪アドバイザーの居所を突き止めた刑事たちは、小五郎に警察側のアドバイザーとして協力を依頼してきて……。
江戸川コナンたち少年探偵団は公園で、何者かに暴行された傷だらけの猫を発見する。猫の爪に残っていた血痕と繊維から犯人捜しをすることになる。一方、『坊っちゃん亭』という料亭では接客係主任が遺体となって発見されていた。彼の上着は、猫の爪に残ってた繊維と酷似していて……。
コナンたち少年探偵団がケガをした猫を保護した日、料亭『坊っちゃん亭』で接客係主任の“うらなり”が遺体となって発見された。警察の捜査が進む中、犯人の有力候補と思われた経営者の“赤シャツ”までもが、翌日、遺体となって発見される。警察は逃げられないと考えた末の自殺だとするが……。
コナンたちは東京にやってきた平次、和葉とともに世界最大級のコンクパール「妖精の唇」が展示されている博物館にやってくる。怪盗キッドがこの宝石を狙っているらしい。鈴木次郎吉のキッドへの挑戦状には「その宝石は全方向から速やかに見ていただける準備をしています」と書かれており……。
コナン、蘭、小五郎、そして大阪からやってきた平次、和葉は博物館“鈴木ミュージアム”にやってくる。一方、博物館に展示されている宝石・世界最大級のコンクパール「妖精の唇」を盗むと予告した怪盗キッドは和葉に変装し、展示部屋に潜入。見事、宝石を盗み出す……?
毛利小五郎事務所に、武藤雅子という女性がやってくる。彼女は姿を消した夫を探しているという。勤務先ではない町で夫を見かけ、一緒にいた見知らぬ女性と別れたところで声をかけたが、何故か逃げられ姿を見失ってしまったというのだ。コナンと小五郎は、自宅にあった名刺から夫が勤める会社を訪ねるが……。
毛利小五郎事務所にやってきた武藤雅子の依頼は、失踪した貿易商の夫・武藤一誠の捜索。依頼を受けた小五郎は、手掛かりをもとに夫のもとにたどり着く。しかし、夫の本来の姿は貿易商ではなくリサイクル業者の社長だった。見栄による嘘だと謝罪し夫婦は和解したかに思われたが、翌日、遺体となって発見され…。
レストランに食事に行ったコナン、蘭、小五郎は、そこで通販サイト『クレーノ』の社員たちが“会社解散パーティ”をひらいているのに出くわす。そんななか、労いの言葉とともに花束を渡された社長が倒れてしまう。その花束には、毒針が仕込まれていたのだ。容疑者はパーティの参加者に絞られるが……。
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