妖獣・窮奇が神界に襲来し神々が苦戦していたところに、九幽での修行を終えた上古が帰還して見事に撃退してみせる。一方、雪迎も窮奇撃退での功績を認められて神界に復帰し、早速、白玦に会いに行くが、二度と来るなと追い返されてしまった。この千年間、白玦がしばしば神界から姿を消していたことを月弥から告げられた上古は、長淵殿を訪ね、紅日の口から、白玦が身の危険を冒して自分を守ってくれていたことを知るのだった。
上古が主神の座を正式に継承する儀式の日。神界の印章に相当する「主神令羽」を受け取ろうとした瞬間、天啓がそれを奪って逃げた。上古は天啓のいわくありげな様子を見て逃がしてしまった。一方、紫涵を捕らえようとした際に受けた攻撃がもとで白玦の古傷がぶり返し、意識を失った。上古は、治療薬を作るために必要なものをもらいに鳳族の所へ出向く。鳳焔の再生の時が近づく中、蕪浣は主神の神獣の地位を奪われまいとの決意を固くする。
天啓が下界を滅ぼす威力を持つ「滅世陣法」を完成させようとしていると気づいた白玦だが、上古は天啓にそんな野心があるとは信じられず、天啓を連れ戻しに行く。しかし天啓は、今まで上古に優しくしたのも陣法の完成に必要な主神令羽を奪うための芝居だったと告げて、上古を追い返した。滅世陣法の完成が近づき、白玦は軍を率いて妖族と対峙。一触即発の危機を迎える。月弥は白玦に頼み込み、単独で天啓の説得に向かうのだが…。
天啓に滅世陣法をやめるよう説得に来ていた月弥は、天啓を狙った蕪浣からの攻撃をとっさにかばって命を落としてしまった。だが、蕪浣は白玦に「天啓が月弥を殺した」と虚偽の報告を。それを信じた白玦は天啓と対決し、天啓の胸に深く剣を突き刺した。上古は主神としての責任を強く感じ、もう誰も失ってはならないとの思いから、混沌主神となる修行に入った。天啓の命盤をのぞき見た白玦は、天啓が滅世陣法を行うに至った経緯を知って驚愕する。
天啓が神界で起こした謀反は、上古の命を守るためだったと知った白玦。同時に、上古を主神にすべく尽力してきた自分が、結果的に上古を死に向かわせていたことに気づく。白玦は何としても上古を救いたいと考え、自分が身代わりとなって混沌の劫に立ち向かう決意をする。しかし、上古は主神として果たすべき務めを十分承知していた。ついに混沌の劫が神界を襲い、その恐ろしい力が荒れくるう中、神々は全力を尽くして立ち向かうが…。
上古が衆生を守るために犠牲になったのち、炙陽と白玦は、混沌主神の宿命に気づいた玄一が自身の身代わりとして上古を死なせたのだと悟る。まもなく魔族が襲来して大きな戦となった。神界は玄一を倒すが神々もほぼ全滅。神界は閉鎖される…。そして6万年後。仙界、妖界、人間界が新たな三界となっていた。仙界にやって来た暮光、蕪浣、古君は上神の座にあり、暮光と蕪浣は結婚。古君の娘・後池が将来4人目の上神となることが確定する。
天宮とは隔てを置く古君の清池宮にて、後池は日々修練に励むものの、生まれつき病弱なため霊力も非常に弱い。そんな後池を不憫に思う鳳染は、常に後池に寄り添い守っていた。そんなある日、2人は東華上君の誕生祝いに出席するため、久しぶりに遠出をする。後池の真の目的は、旅に出たまま帰らない想い人・柏玄を捜すためでもあった。鳳染と別行動を取って先に瞭望山へと飛んだ後池は、東華上君の屋敷の庭で北海上君こと清穆と出会う。
東華上君の誕生祝いの宴で紫垣上君が鳳染を中傷し、激闘に発展。後池は柏玄にもらった腕輪で一時的に強い霊力を得て紫垣をねじ伏せる。清穆は、そんな後池が夢で見た女神によく似ていたため、目を奪われた。後池の行く先々に出没して言葉を交わそうとするが、後池はとりつく島もない。柏玄を捜し続ける後池は、鳳染と妖界に行くことに。だが仙界と妖界の結界に現れた清穆が突然、後池を連れ去った。そして、2人は妖界の紅血の森に到着する。
清穆は、柏玄を捜す旅に同行したいと申し出る。実は清穆は過去の記憶を失っており、自分が何者かを知る手がかりが、後池が柏玄から贈られた腕輪にあると考えていた。天宮では神界の再開を望む天帝こと暮光が、四大真神の神器を探させるため、第2皇子の景澗を妖界へと派遣する。後池は瞭望山で見つけた扇の持ち主を捜して三重天へ。三重天の入り口に着いた後池は、行く手を阻む関守と勝負するが、危ういところを清穆に助けられる。
後池と清穆は、柏玄と関わりがありそうな紫月妖君について探るべく妖界の宮殿・玄晶宮に潜入。妖族の第2皇子・森羽から得た情報に柏玄との共通点があったため、後池は期待を膨らませていた。6万年間、上古捜しを続けてきた天啓は、身分を騙って玄晶宮にやってきた男女が上古と白玦に似ているとの報告を受け…。一方、後池を捜しにきた鳳染は妖界に不慣れな景澗と出くわし案内役となるが、ふとした弾みで景澗と縛霊鎖でつながれてしまった。
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