『洋菓子のパラダイス』新工場建設予定地の前で話をしていた少年探偵団は、コンクリートの下敷きになっている人影を発見。恐怖で失神した三人の話を聞いたコナンは、血痕を発見。その血痕を追い『洋菓子のパラダイス』の店舗に辿り着いた四人は、一週間前に見かけた美女が、同じ席で同じケーキを食べているのを目にし……。
ひと仕事終えた小五郎が住宅街を歩いていると、悲鳴が聞こえてくる。小五郎が現場に向かうと、そこにはある男性がヘタり込んでいた。突然誰かに突きとばされて車にハネられそうになったようだ。コナンと小五郎が事務所で詳しく話を聞くと、一年間の記憶がなく、その間に何か恨みを買うことをしたのかもしれないという……。
コナンは、小五郎とともに記憶喪失の江坂律雄という男性が過ごした甲練町で、失われた一年間を見つけるため調査を行う。甲練町で一緒に過ごした人たちと再会し、苦手な犬に吠えられたことで記憶を取り戻しそうになる江坂。二日後、期待をもって江坂宅に向かったコナンと小五郎は、江坂が遺体となって発見されたことを知る。
コナンは、蘭と共に画家・春日隆二のアトリエに居た。蘭が買い物に出かけた日に春日に声をかけられ、モデルのアルバイトをしていたのだ。そこには、助手の六井理子と弟子の込山義男もいた。窓の外に不自然に光るものを見つけたコナンは、庭に出てそれを確かめようとする。そこへやってきた庭師にあることを教えられ……。
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