下校途中、少年探偵団がサッカーの話題で盛り上がるなか、コナンは別のニュースについて考えていた。八百長騒ぎで失踪中の錦戸棋士が殺害され、遺体で発見された事件。現場には、一本脚を切られた将棋盤があった。コナンが見ていたその事件の記事から、「八百長」の由来について話し合っていたコナンたちのもとに羽田秀吉が現れる。秀吉は「錦戸棋士と対局した経験がある」と彼の印象について語る。話をしていた秀吉のこざっぱりとした姿を見た少年探偵団は、このあと恋人である由美とのデートがあるのだと考えるが、秀吉は「大事な人と会う」とデートを否定して去っていく。そこに現れたのは、秀吉の様子を不審に思い尾行していた由美だった。「子供連れのほうが尾行に気づかれにくい」と、コナンは由美に連れていかれてしまう。尾行を続けていたコナンと由美は、ドーナツ屋でたくさん買い込み、女性二人に親しげに話しかける秀吉の姿を目撃し……。
秀吉が将棋の勉強会をしているというマンションを訪れたコナンと由美は、そこで参加者の一人である源田安清が殺害されているのを発見する。傍には脚が二本切られた将棋盤があった。部屋の鍵は開いており、他の参加者である勝又水菜、瓜生祥子、菱沼浩輔が買い物に出ていた隙に、何者かが侵入した、もしくは三人のうちの誰かがこっそり戻ってきて犯行に及んだと考えられた。しかし、三人は「ついさっき買ってきた」と主張できるものがあった。警察は、先日起こった八百長疑惑で失踪中だった錦戸公春棋士が遺体で発見された事件の現場に、脚が一本切られた将棋盤が残されていたこともあり、連続殺人の線も考え始める。
秀吉が将棋の勉強会をしているというマンションで参加者の一人である源田安清が殺害され、もともと勉強会に参加していたという岸本雄平の自宅が燃え遺体が発見される。そんな中、犯人につながる何かに気が付いたらしい秀吉が拉致されてしまう。コナンは赤井と合流し、秀吉を助けに向かう。
阿笠博士に連れられ、冬の雪山にスキーをしにやってきたコナン、歩美、光彦、元太。スキー場へ向かう道路でスタックしている車を発見し助けたことで、薬品メーカー社長の石橋健吾、医師の横山タケルと知り合う。彼らはスポーツハンティングをやりに行くところだったらしい。連絡先を交換し別れたコナンたちだったが、それを追いかける怪しい車があり……。
スキー場で薬品メーカー社長の石橋健吾が、医師の横山タケルを殺害したのを目撃してしまった歩美。それに気づかれたことでコナン、歩美、光彦、元太は、犯人の石橋から追いかけられることになる。逃げだしたもののコースを外れて雪道を歩くことになってしまい、さらにそこには石橋の仲間二人が待ち構えていた。ソリを使って追跡をかわしたものの、二人は石橋と合流し再びコナンたちを探し始める。小屋にたどり着き外部に連絡を取ろうと試みたコナンがスマホを触っていると阿笠博士に電話がつながったが……。
コナンは、蘭と小五郎が出かけるということで喫茶ポアロにやってくる。そこでは、店員の梓がハロウィンのためのジャック・オー・ランタンづくりをしていた。コナンは手伝いをしている中で、最近“カボチャのお化け”が発見され話題になっていることを知る。そこに、大慌てで入ってきた三人の男女は「カボチャが盗まれた」と言い……。
阿笠博士の車でドライブをしていた、コナン、歩美、光彦、元太。その帰り道に通りかかったビルの三階、事務所の電灯が不自然に点滅していた。モールス信号で『SOS』を読み取ったコナンたちは、その事務所に向かう。そこには拘束されたバイク便ライダーの男がいた。彼はここに爆弾が仕掛けられていると言い、コナンたちは慌てて逃げ出す。
米花町にある寺の石段からお婆さんが突き落とされる事件が発生。彼女は「若い女性に突き落とされた」と語るが、それ以外の情報がない。そんな中、野次馬の中にお婆さんをじっと見つめる男を見つける。声をかけるが、挙動不審な様子で、何も知らないとその場を立ち去ってしまう。どうやら現場を見ていたようだが、言えない理由があるようで……。
コナンたち少年探偵団は、光彦の知人の住むマンションへやってくる。彼は、大学のサークル仲間たちとフィギュア制作をしており、そのフィギュアを見せてもらう約束をしていたのだ。制作部屋を見せてもらっていたコナンたちだったが、サークルメンバーの一人は、終始不機嫌そうだ。どうやら現在制作しているフィギュアを出す予定のコンテストに関係があるようだが……。
コナンと小五郎は、通りかかったマンションにパトカーが止まっているのを目撃する。そのマンションでは、一人暮らしの女性が遺体となって発見されていた。現場から検出された指紋は三つ。一つ目は交際中の男性。二つ目は勤め先の店のオーナーのもの。もう一つは登録がないものだった。玄関や窓にこじあけた形跡がないことから、警察は顔見知りの犯行とみて捜査を始める。
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