米花町「度照神社」を通りかかったコナンたち少年探偵団は、悲鳴を聞き駆け付ける。そこには石段下で頭部を強打した寿飛太が倒れていた。病院に運ばれた寿飛太は命に別状はないようだ。付き添うコナンたちの元にやって来たのは姉で新進作詞家の寿里亜と、彼女の師匠・斉門。強盗被害にあう直前、電話で寿飛太は寿里亜に別の町に来ていると話していたらしい。コナンたちは寿飛太が嘘をついてまで米花町を訪れた理由を捜査し始める。
新装開店した駄菓子屋にやってきたコナンたち少年探偵団。チンドン屋が演奏しており、お祝いなのか駄菓子のスモモが配られる。初めての駄菓子に夢中になる歩美、光彦、元太だったが、コナンは興味がなさそうだ。そんなコナンに対して「大人ぶって思い上ってる!」と怒る元太。二人はケンカになり、コナンは一人で帰ることにする。その道中、路地から飛び出してきた老紳士が「オムライスの死体を見た!」と助けを求めてきて……!?
依頼が終わり人気のない路上を歩いていたコナン、蘭、小五郎は、警笛の音と叫び声を耳にする。そこで発見したのは、腹をナイフで刺された警備員・根津吾郎だった。根津は大通りを指さしながら「白い服」と言い残し絶命してしまう。さらに根津が落ちてきたと思われる階段上には泣き叫ぶ結城景子と、彼女の夫でIT企業社長・結城秀人の遺体があった。犯人を追うため大通りに向かったコナンが遭遇したのは「黒い服」の青年で……。
コナンが阿笠博士と海外ドラマの鑑賞会をしている頃、米花デパートにやってきた蘭と園子。買い物を満喫していると、店内で灰原と歩美に出会う。さらに佐藤刑事も通りかかり、五人は思わぬ形で女子会をすることになった。スイーツを楽しむ中、デパート内に居た不審な人物についての話題になる。買い物に来たとは思えない彼らの行動を繋ぎ合わせていくうちに、デパートに危機が迫っていると感じた五人は動き出す。
張り込み中の高木刑事と千葉刑事を発見したコナンたち少年探偵団。「出番はないと分からせて帰ってもらおう」と考えた高木刑事と千葉刑事は、今朝発生した強盗傷害事件について話し始める。犯人は無職の男性・藤木一馬だとすぐ判明したが、自宅に帰ってこない。そこで元恋人が浮上した。追われる身となれば彼女を頼る可能性は高い――「犯人も分かっていて謎解きもない事件」だと聞かされるが、コナンには気になることがあり……。
コナン、灰原、歩美、元太、光彦はウサギの世話をするために帝丹小学校を訪れる。そこに現れた男性は灰原を見て「宮野明美の妹・志保ではないか?」と声をかけてくる。怯える灰原だったが、彼は帝丹小学校の卒業生・村田匠だった。元クラスメイトの柳町岳、市橋聖子も現れ“明美が帝丹小学校に通っていた”と知ったコナンたち。彼らは卒業する際に埋めたタイムカプセルを掘る予定だったが、場所を知っているのは明美だけで……。
飼育小屋でウサギの世話をしていたコナン、灰原、歩美、元太、光彦は、帝丹小学校の卒業生である村田匠、柳町岳、市橋聖子に出会う。校内で同窓会の準備が進む中、彼らには“タイムカプセルを掘る”という役割があった。埋めた場所を唯一知っている明美は暗号を残しており、コナンたちも協力してヒントを見つけていくことになる。その捜索中に不可解なことが発生し、コナンは何者かがタイムカプセル探しを妨害していると考える。
毛利探偵事務所に「夫が失踪した」という中島貴子がやってくる。三日前から連絡が取れなくなっており、警察にも相手にしてもらえない様子。夫の私物を受け取ったコナンと小五郎は、中身を調べ始める。そこに入っていた写真には、新婚旅行のもの、同僚や船長とダイビングをしているもの、実家の前で弟と写っているものがあった。パソコンの中にも特に目立ったものはなく、コナンと小五郎は彼の会社に行ってみることにするが……。
公園の管理人・君島智志のミニ鳥園を手伝っていたコナン、歩美、元太、光彦、灰原。ほとんど手伝いも終わったところで、君島から「落とし物の野球帽の持ち主を探してほしい」と頼まれる。帽子からヒントを探りコナンたちがたどり着いたのは、勝見望の家。そこには空き巣警戒地域をパトロールする警察官がおり、勝見に注意を呼び掛けていた。話を聞いたコナンたちは、空き巣についても捜査を始めることにする。
毛利探偵事務所に血だらけの服を持った男・酒匂学がやってくる。酒匂は昨日、嫌な出来事が重なり一人でヤケ酒を飲みに出かけたが途中から記憶がない。目覚めると眼鏡が割れて服が血だらけ。自身は頭にコブがある程度だったので、他人の血だと分かった。そこで「何か大変な事をしでかしたんじゃないか」と不安を抱えて助けを求めに来たのだ。手掛かりがないように思われたが、コナンは酒匂の身体からヒントを探し出していき……。
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