スタミナ星のガリレ博士から緊急通信が入る。独裁者・ヒマン大統領の指示で「兵士の身体を2倍にするインスタント増強剤」を飲ませてしまったという。さらにヒマンはガリレイ博士が人口問題解決のために開発したスモーラーエネルギーを使い、オット星の住民を小さくして、豊かな領土を奪おうとしていた。救援要請を受け、ホッパード110号はオット星に向かうが、スタミナ星の大艦隊が待ち受けていた。
フラワー星のドリームボーヤは、育てた花を星々に配っていた。プーに紹介されたジュンはボーヤとまた会う約束をする。ドリームボーヤは星にひとりで暮らし、草花を育てていた。ある日、カオス星から逃げてきたプリント人が移住を希望する。カオス星ではサルタン人が宇宙征服のため新兵器を開発し続けていた。その怪電波がフラワー星の植物に影響し、プリント人を襲ってきた。やってきたジュンは事件の謎を調べるが…
音楽好きのホッパ星に大事件が!合唱やオペラ、さらには子守唄やオーケストラの演奏まで、なぜかみんな音がおかしくなる。無線も狂い出し、空中電車や航空機の事故が相次ぎ社会問題に発展。ジュンとプーが保護して飼い始めた未知の小動物の鳴き声が原因と、ドック博士は判断した。処分されそうになった小動物を、ジュンとプーは必死に守る。そんなときホッパ星を訪れた宇宙人が、小動物を故郷の星に返すと申し出るが…
ドック博士の息子トンは勉強も運動も苦手。逆にジュンは優秀過ぎ、どちらもクラスになじめず、自然と仲良くなっていった。ドック博士は動植物の発育を促す薬の開発に成功した。強くなりたいトンは新薬を盗み飲み、立派な髭が生え能力が跳ね上がった。企業と癒着し物価高を呼ぶ腐敗政治や、働かない政治家たちにトンは憤慨。子どもたちに新薬を配りチビッコ政府を作り上げ、要職から大人を追放したのだが…
宇宙征服をもくろむマイクロ王は戦闘ロボの開発と大量生産を命じる。さらに平和目的の物体電送機を奪い、開発した博士と息子を電波に変えてしまう。マイクロ王は量産した戦闘ロボの電送準備に取りかかった。その頃、ホッパ星では誘導電波が狂い事故が発生、そのうえプーがテレビ画面に吸い込まれ、電波となって消えてしまったのだ。ドック博士の指示でドンキーとグーが宇宙空間に発進、電波の行方を探索する。
地球人ガメツ博士は金儲けのため調査ロケットを5台打ち上げたが、いずれも戻って来なかった。自らがヨシャーク号で宇宙へ出たが、成果は無かった。帰還の途中、調査ロケットが消えた星域でスーパー引力帯に捕らえられ、未知の惑星に不時着する。SOSに駆けつけたジュンは、巨大な5体の生物から地球人を守る。博士の姪オシチは生物の1体を見て、調査ロケットに乗せられたペットの犬ペスではと言うのだった。
ホッパ星の金属が空へ空へと上がってしまう。砲丸も重量挙げのバーベルも選手の手を離れ、腕時計や家庭のフライパンも呼び鈴も、プーの宝物まで!怪事件の原因を調べるため、ジュンはカメラ付き人工衛星を作る。吸い上げられた衛星の後を追うと、巨大な磁石を装備した宇宙船が。そこには金属を食料とする飢えた金属人間がいて、資源豊かなホッパ星の金属を磁石で吸い上げていたのだった。
ジュンはパトロール隊ピーコック号の一日隊長として、プーたち少年パトロール隊と訓練に出た。ところが謎の光を浴びて、ピーコック号ごと知らない惑星に捕らえられ、領空侵犯の罪で死刑を宣告されてしまう。その星の王様は独裁者で、上空900万キロを勝手に領空としていたのだ。他人を信じらない王様は死刑を連発。病人に薬を提供したいジュンに、24時間以内に戻らねばプーたちを死刑にすると宣言する。
国連所属の宇宙船インター号は地球から冥王星探検に向かう途中、謎の渦巻き星雲に込まれそうになる。SOSを受けたホッパード110号が急行、なんとか救出に成功する。しかし船外活動中だった機長が行方不明になっていた。ジュンが助けに向かうが、命綱が何者かに切断され、渦巻き星雲の深部へ落ちてしまう。そこは夢か幻か分からない不可思議な空間で、ジュンは亡くなった父親と再会するのだった。
ホッパ星で開催中の博覧会で大人気なのは、兵器がプリントされた戦争ワッペン・シール。ペタン人が出品した自販機には連日長蛇の列、プーたちは体中に貼りまくっていた。ところが最終日の夜、街中や家庭に貼られたシールから実物の戦車や戦闘機、ミサイルが飛び出し、ホッパの街を破壊していく。ホッパ星を手に入れようと企むペタン星人の作戦だったのだ。翌朝、パトロール隊は姿を消した兵器群を探すが…
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