地球に到着直前、アイアンはムーの戦闘員と戦い行方不明となる。彼の相棒の小型生物ピックを保護して、ジュンたちは地球へ到着、科学局長官と連邦警察署長や集まった人々から友好的に迎えられる。しかし1台のテレビ中継車はムーに乗っ取られていた。カメラに偽装した銃でジュンを狙うが、ピックが邪魔したため弾はそれて長官が重傷を負う。長官の娘サクラから責められたジュンは、ムーと戦う決意を新たにするのだった。
マサコとアキラは幼い頃から一緒で、愛を育んでいた。しかしアキラは何者かに銃撃されてしまう。近くにいたジュンが急行、ドック博士の手術を受けてアキラは命を取りとめる。彼の見舞いに訪れたマサコは、置き手紙を残して姿を消す。実はマサコの父はムー帝国の一員で、アキラの父が発明した秘密兵器シグマの設計図を盗めと、マサコは命令されていたのだ。それを裏切ったマサコは捕らえられ、アキラも誘拐されてしまった。
1日で30隻もの船が原因不明の沈没をした。事件を報じた新聞がよく売れたので、新聞売りの兄弟はマリンランドへ行く。大人気のイルカショーを見て感心する兄弟。ジュンたちも偶然そのショーを見ていたが、火の輪くぐりを失敗したイルカのペペロは、観客の前で鞭打たれてしまう。訓練場に移動されたペペロを心配した兄弟は、ジュンの協力を得てペペロを海へ戻す。しかしムー帝国の非道はマリンランドにも及んでいたのだった。
作戦を次々とジュンに妨害され、ムー帝国総統は最優先でジュンの抹殺を命じる。世界各地で行動を起こすムーのスパイたち。100件を超える怪事件が世界各地で報告され、ムーの狙いどおり、ホッパ隊は世界中バラバラに配置された。東京を担当するジュンは、東京タワーから映像が投射され飛行機事故が起きたと推理、現地に向かう。しかしそれはジュンをおびき出す罠で、タワーには爆弾が仕掛けられていたのだ。
ジュンたちはホッパにはない海に来て、マリンスポーツを楽しんでいた。しかし日に日に太陽はかげり、気温が下がっていく。ムー帝国のドクターマッドがフィルターガスを使い、太陽の光を地球に届かなくしていたのだ。異変は2ヶ月以上続き、穀物は不作となり、人々はどれだけ高額であろうと、ムーのスパイたちが闇販売するパンを求めるしかなかった。ドック博士が原因究明に力を注ぎ、ジュンたちはムーのスパイを探すが…
ムー帝国のスパイを5年も続けているが、うだつの上がらない双子のギャング・フックとホック。ヒューラー総統がスパイたちを集め、24時間以内にジュンを消せば1千万円の賞金を出すと言う。色めき立った双子は世界連邦ビルに正面から乗り込むが、ドンキーとグーに一蹴される。しかしその翌朝、双子は巨大ロボを操り攻めてきた。ジュンはエラン水が切れる前に倒してくると、軽い気持ちで出動するが…
故郷の星メウスをムー帝国に滅ぼされ、復讐を誓うアイアン。彼は世界連邦とは手を組まず、単身で敵のアジトを次々と破壊していく。メウス人の科学者ロメドはアイアンの親友だったが、ムー帝国に下り新兵器開発を担っていた。ドック博士はムーの通信を解析し、巨大前線基地がアフリカにあることをつきとめ、ピーコック号が発進する。時を同じく、アイアンもまた前線基地に向かっていたが、そこにはロメドがいたのだった。
ジュン、プー、ルビーの3人が通っている小学校に、新任女教師と双子の転校生がやって来た。その教師は3人の高い学力を見て中学校に通うよう提案するが、大好きなサクラと離れたくないプーだけは小学校に残る。双子は給食係となり、パンに怪しい液体をふりかける。その夜、プーやサクラ、同じクラスの子どもたちが謎の電波に操られ、街へ出て踊り始めた。この大騒動はムーによる実験で、本当の目的はミサイル基地にあった。
ロンドンの博物館で恐竜の剥製が突如動き出し、街を破壊し始めた。世界連邦はピーコック号を派遣するが、恐竜はテムズ川に姿を消した。ジュンたちは博物館を再調査して、ムーの遺留品を発見する。ムーは機械化した恐竜を再びロンドンに出現させ、ホッパ隊が応戦するが、ムーの真の目的はアフリカにあった。恐竜と同様に複数のマンモスを機械化してよみがえらせ、地上に帝国を築こうとしていたのだ。
世界連邦空軍長官はプライドが高く、ホッパの協力を不愉快に感じていた。ムー帝国はホッパ人の生命線であるエラン水を奪う作戦を開始、長官の息子トニイに目をつける。ジュンと知り合ったトニイを操り、エラン水の置き場所や補給方法を聞き出す。さらにトニイに拳銃を乱射させ、その隙にエラン水タンク奪取に成功する。ジュンたちはホッパ星から輸送されるエラン水の護衛を空軍に要請するが、長官は聞き入れようとしない。
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