ホッパ隊はようやく休暇が取れ、エジプト観光に来ていた。しかしムー帝国が世界最大のウラン鉱山を爆破し火災が発生、1000人が地下構内に取り残される事態に。世界連邦が秘密裡に開発した地底掘削機・モグトロンを現地に運搬できれば救助は可能だが、ムーにより道路も寸断されていた。ジュンたちは古い鉄道を使い、モグトロンを鉱山に運ぶ。ムーは利用価値が高いモグトロン奪取をも狙い、妨害工作を仕掛けてくるのだった。
開発の説得に応じ、村の人々は先祖代々の土地から川下に引っ越した。跡地に建設された工場の煙突からは黒い煙が登り、川は濁った。その川に落ちた子どもをプーとルビーが助けるが、3人の顔が腫れ上がってしまう。さらに川沿いの住人たちにも同じ症状が広がる。最寄りの医者から「お化け」と診察を拒否された住人たちは医者を拉致、警察が町を取り囲んだ。ジュンは原因を探ろうと工場に忍び込み、ムーの陰謀を暴くのだった。
アラブ地域一帯の植物が原因不明で枯れ、人も家畜も飢えに苦しむ。連邦政府は救援物資を輸送しているが、不思議なことに現地には届いていないと報告が来た。ジュンたちは食糧輸送ロケットの護衛につくが、謎のスフィンクスの放つ怪光線を浴び、墜落してしまう。ジュンたちを助けた遊牧民の長は政府の支援を待っていたが、暗殺されてしまう。すべてはムーの陰謀で、各地で暴動を扇動し、叛乱軍は100万の規模に膨らんでいく。
ムー帝国のヒューラー総統が総攻撃を発令。自由の女神、奈良の大仏、スフィンクスが生物のように動き出した。スタミナ光線を悪用して、像に活力を与えたのだ。ホッパ隊は地球の大切な文化財を壊さずに済むよう活躍する。総統は双子スパイにジュン暗殺を命じ、さらにジュンの母を人質に取って降伏を迫った。母を思って泣くジュンの姿を見て、双子は改心、ムー本拠地の入口を教える。ホッパ隊はジュンの母の救出に向かった。
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