毛利探偵事務所に、自宅マンションに中傷ビラが貼られるようになった真壁五月が依頼に来る。マンションで張り込みをしていた小五郎は、不審な若い男を取り押さえるが……。数日後、高級マンションの一室で遺体が発見された。被害者の堂場諒一は、周りの評判が悪い人物。匿名の電話によって、容疑者として五月が警察に呼び出される。五月はアリバイを主張するが、一緒に居たはずの弟は「誰にも会っていない」と言い出し……。
蘭と園子は『探偵女子5』こと灰原、歩美、佐藤刑事を招集する。園子は「忍者の恰好で指定された場所へ行く」という怪しい高額バイトの求人を知り、大掛かりな犯罪計画なのではと考えたのだ。潜入捜査のため指定された場所に行くと、続々と忍者の格好をした人々が集まってくる。バイトのミッションには犯罪めいたものもあるため、警察の目を忍者たちに引き付けて黒幕が何かを行う可能性が高いと考えられた。
小五郎は、文芸評論家・上湯鷹彦から「地方に行く三日間、家で留守番をしてほしい」という依頼を受ける。探偵の仕事とは思えずに断る予定だったが、報酬が高いわりに、やることは飼い猫の世話で、気になることは二日目に入るという工事の騒音程度。家にある酒や食べ物は自由で、コナンと蘭も呼んでいいという好条件だったため、小五郎は依頼を引き受けることにする。しかし上湯邸でくつろいでいると、次々と客が訪ねてきて……。
江戸川乱歩生誕130年を記念して、江戸川乱歩と江戸川コナンが夢のコラボ!コナンたち少年探偵団は、小林先生の引率で乱歩邸を訪れる。江戸川乱歩が書庫として使用していた土蔵には貴重な本が大量にあり、コナンたちは大興奮。そこへ佐藤刑事と高木刑事が訪れ、近くの公園で殺害事件が発生したことを告げる。しかも、被害者の遺留品は普段公開していない土蔵に関係していたようで……。この難事件に現代の少年探偵団が挑む!
江戸川乱歩生誕130年を記念して、江戸川乱歩と江戸川コナンが夢のコラボ!コナンたち少年探偵団と小林先生が訪れた旧江戸川乱歩邸で立て続けに殺害事件が発生。被害者はいずれも「乱歩会」に所属しており、残る乱歩会のメンバーが容疑者であり、事件の鍵を握っていた。事件はまだ終わっていないと推理したコナンと少年探偵団は、新たな犯行を阻止するために事件解決へ奔走。しかし、犯人の計略は次なる標的へと向かっていて……
世間を騒がすホテル連続爆破事件で使われた暗号を入手した世良真純に誘われ、杯戸ホテルを訪れたコナン。その誘いには世良とその母「領域外の妹」赤井メアリーのある狙いがあった。しかし、新しい爆破予告の現場に遭遇したことで、爆弾魔の次の狙いがこのホテルであると知ったコナンと世良。偶然居合わせたホテルの顧問弁護士である小五郎の妻・妃英理と共に、爆弾が仕掛けられた部屋と爆弾犯を突き止めるため暗号解読に乗り出す!
世良に誘われ杯戸ホテルを訪れたコナンは、立て続けに起きているホテル爆破事件に遭遇。偶然通りかかったホテルの顧問弁護士である妃英理の力を借りて、過去の暗号を入手したコナンと世良は爆弾があるはずの部屋を6部屋に絞り込む。爆弾犯の可能性があるのは、ホテル清掃員の盛子、ベルボーイの暮石、そして暗号文が置かれていた部屋の宿泊客・林崎。爆発までのタイムリミットが迫る中、コナンと世良は犯人にたどり着けるのか!?
玉木ブックカフェで読書をしていた少年探偵団は、父親の形見である大切な本を誤って買取に出してしまった小町亜美に出会う。本は売れてしまっていたが、そこに購入者の霧島健一がやって来る。買い戻させて欲しいと訴える亜美だったが、霧島はすでにその本をフリマサイトで転売しており取り付く島もない。しかし、普通の本のはずが20万円の高額で売買されており、コナンは疑問に思う。その日の夕方、霧島の遺体が発見され……
コナンたち少年探偵団は、今日閉園を迎える遊園地に遊びに来ていた。そこで警備員に扮して張り込み中の高木刑事と千葉刑事を発見。今回も無理やり張り込みを手伝うことに。警察は六年前に近隣で起きた二人組の宝石強盗がこの遊園地に盗んだ宝石を隠し、最終日である今日、取り壊し前に回収しに来ると睨んでいた。強盗犯のうち、主犯の蟹江田は事故で死亡。共犯者のエビシマは情報が無い。宝石の隠し場所とエビシマの正体とは?
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