コナン、歩美、光彦、灰原は、先に帰ったはずの元太が、おかもちを抱えて走る姿を見かける。鰻屋『銀八』の大将が足を怪我してしまい、元太が代わりにうな重の配達をしていたのだ。配達を終えた元太が店に戻ろうとすると、野次馬が集まっており「大将が左胸を刺されて倒れていた」と知らされる。少年探偵団は、事件解決のため容疑者たちに話を聞きに行くことになるが……。うな重の平和を守るため、元太のうなぎ捕物帳が始まる!
帝丹小学校の授業参観日。コナンたち少年探偵団が学校に到着すると、転校生の団野皆介が『人喰い教室の怨念』の噂を広めていた。授業参観が迫る中、皆介が話していた噂どおりに教室前の花壇が燃えているのが発見されーー!? 原因不明の出火で教室は騒然。授業参観の中止を考える小林先生と若狭先生に対して、コナンは休憩時間の10分で事件を解決することを約束する。はたして、花壇を燃やした怨念の正体にたどり着けるのか?
帝丹小学校の授業参観日。学校で噂されていた『人喰い教室の怨念』の呪い通り、花壇が燃える事件が発生。機転をきかせた灰原によって消火された。火をつける動機があったのは、噂を広めていた隣のクラスの皆介、給食の配膳中になぜか花壇を凝視していたたくま、この騒ぎで授業参観が中止になれば入院中の母親が無理に参加せずに済むマリアの3人。実験のためにタイマーを手にしたコナンは、突然「犯人が分かった」と宣言する……。
蘭に会うために東京へ向かう新幹線に乗っていた平次と和葉。そこには、何故か大岡紅葉と執事の伊織無我の姿もあった。実は平次が東京へ向かうという情報を入手した伊織が、紅葉のために隣の席を確保していたのだった。四人が話していると、酔っ払いが伊織にビールをかけてしまう。染み抜きのために洗面台へ向かった伊織は、スマホの忘れ物を発見して着信に出るが……。車内で発生した殺害事件。伊織の過去を知る犯人の目的とは?
東京へ向かう新幹線に乗っていた平次と和葉。それに付いてきた紅葉と伊織だったが、一人になった伊織が車内で発生した殺害事件に巻き込まれてしまう。紅葉を人質に取られ、犯人の指示通りに動いていた伊織。しかし平次は、伊織の異変に気付いていた。連絡を受けたコナンも動き出す中、三人は犯人の目を欺いて事件を解決することができるのか? 紅葉と公安警察官だった伊織の出会い。そして、それを知る犯人の正体は?
光彦、歩美、元太は向かいのビルの屋上にオバケを目撃! 偶然出会った間宮まみから「お手伝い先でオバケを見た」という話を聞き、真相を確かめるため、目撃現場であるまみのお手伝い先・金澤もと子の家を訪れていたのだ。まみ曰く、オバケは毎週決まった曜日に現れ、オバケが出るようになってから無言電話もかかってくるようになったらしい。さらに探偵団が帰宅しようとした矢先、もと子の家の玄関前に無数の足跡が広がっていて……
京都の港町で浦島太郎になぞらえた怪事件が発生。コナン、蘭、小五郎は、依頼人・辻貫太の船宿を訪れる。辻によると、事件の始まりは二週間前に友人の山岡武史が行方不明となったこと。捜索中、突如鳴り響く浦島太郎のメロディ。音の鳴る方から流れてきたのは、山岡の遺体が乗せられた船。船内には亀の甲羅と玉手箱。しかも山岡は髪が真っ白になってしまっていた。その姿はまるで竜宮城から戻った浦島太郎のようで……。
京都の港町で、浦島太郎になぞらえた怪事件を追うコナン、蘭、小五郎。しかし、事件の糸口がつかめないまま夜を迎える。その時、再び浦島太郎のメロディが鳴り響き、容疑者の一人・富樫瞳の遺体が港に浮かぶ。止められなかった事件の連鎖。悔しさをにじませるコナンたちの前に、京都府警の警備艇が現れる――。その先端に立つのは、シマリスを連れた綾小路文麿警部! 水面のように揺れる真実、その先で待つ決死の攻防とは!?
宮城県石巻市を訪れたコナン、蘭、小五郎、灰原。そこにはヤイバー少年隊員の恰好をした歩美、光彦、元太の姿もあった。『仮面ヤイバーと共演できる』というキャンペーンに三人が当選し、撮影に参加していたのだ。撮影の前日、観光していた一行。そこでコナンと灰原は千葉刑事の姿を発見する。その様子が気になりながらも声をかけずにいたが、翌日、歩美が姿を消してしまう。石巻市で暗躍する影。コナンは事件を解決できるのか?
猫探しの依頼を受けた歩美、光彦、元太は、依頼主との約束を果たすために奔走していた。コナンと灰原も合流し、猫の痕跡が消えたあたりで話をしていると、そこに高木刑事と千葉刑事が現れる。二人が「作業着を着るような業種の、背の高い男性を探している」と知った少年探偵団は、捜査に協力。しかし夜まで周辺で猫探しをしていたはずの歩美、光彦、元太には、男を目撃した記憶がなく……。事件の証人となる、幻の大男の正体は?
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