探し物をしていたコナンと小五郎は、男が石段から転げ落ちてくる現場に遭遇。男を追ってきた坪田練は「もう一人、被害者がいる」と告げる。坪田は、石段上の被害者・大柴六郎と待ち合わせており、現場では見知らぬ男・小岩井喬が大柴を襲っていたという。坪田が取り押さえようとした瞬間、小岩井は慌てて逃走。そのまま石段を転落し、コナンと小五郎に目撃されたのだ。正体不明の小岩井を巡る捜査が始まるが……。
コナンたち少年探偵団は、熱狂に包まれるJリーグ開幕戦を観戦。元日本代表・森島寛晃と影山優佳も実況席に登場し、試合はVAR判定も飛び出す白熱の展開に。しかし、虎春市長・江口奈々子を警護する小五郎や目暮警部らの姿を見かけたコナンは不穏な気配を察知。なんと観客で埋め尽くされたスタジアムのどこかに爆弾が仕掛けられ、試合終了と同時に爆発する――タイムリミットが迫る中、コナンは犯人と爆弾を追うが……。
コナン、蘭、小五郎は、石器人で地域おこしをする稗畑市を訪れる。山中で石器人のような姿の人物が発見されたことが話題になり、稗畑市には多くの観光客が来ていた。なかなか姿を見せない石器人を探して山に入ったコナンたちは、走り去る石器人と、男性の遺体を発見。現場には、血の付いた石器らしきものが落ちていた。イベントを行っていた役所やスーパーの人たちも、言動が不自然で……。容疑者になった、謎の石器人の正体は?
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