極問塾の合宿に参加したはじめと美雪。1日目、はじめは塾生から「この塾はあの人の亡霊に呪われている」と意味深な事を聞き、極問塾で茂呂井が殺害される前に誰かが死んだ事を知る。翌日、月光荘ではチョークを取りに行った近衛、太陽荘ではトイレに行った絵波がいなくなり、はじめは嫌な胸騒ぎがして…。
月光荘と太陽荘で次々に塾生たちの遺体が見つかる。犯行現場は授業の内容に見立てられていて、はじめはこれを犯人からの挑戦状と受け止める。授業を受けていた皆にはアリバイがあり、唯一アリバイのない霧沢も月光荘の自習室で絶命していた。皆は霧沢が塾生たちを殺害後に自殺したと考えるが…。
月光荘の明智は自分の正体を打ち明け、氏家たちに捜査への協力を求める。そして太陽荘の捜査ははじめに託される。はじめは月光荘のスケジュール表や見取り図と太陽荘のモノを照らし合わせて検証。そして、美雪から送られてきた月光荘の写真から全ての謎が1つに繋がる。はじめは「謎は全て解けた!」と拳を握り締めて…。
はじめは皆を太陽荘の食堂に集め、今回の連続殺人事件の真相を解き明かしていく。真犯人スパロウは太陽荘と月光荘に1人ずついた。近衛がロッカーに残したダイイングメッセージは犯人を示すものだった…。犯行に及んだ動機、悲しい事件の全貌が明らかに。はじめは犯行を計画した地獄の傀儡師、高遠も追い詰めるが…。
出発前にテロ予告が届いたJAM377便に搭乗したはじめ、美雪、剣持警部、明智警視。離陸後、機内の後方から煙が立ち込め、乗客たちはパニックになる。結局、煙玉によるイタズラとわかって皆が一安心したのも束の間…。操縦室で機長の志田が絞殺される。はじめは高度1万メートルの密室空間で起きた殺人事件に挑む。
はじめは乗務員の小金井、加賀谷、桃山、関口、容疑者の石田、大越を集め、今回の事件はテロに見せかけて巧妙に仕組まれた計画殺人だと事件の核心に迫る。はじめは犯人がアリバイ工作のために使ったトリックを暴く。そして、はじめは真犯人についても言及。驚く事に志田を殺害した犯人は1人ではなく2人だった…。
3年前、中学生のはじめと美雪は、同級生の岡崎、草太、鷹野、秋峰とキャンプ場を訪れた。そして、女子の美雪、鷹野、秋峰がシャワー中に事件が起きる。はじめは気落ちする美雪を見て「この謎は俺が解き明かしてみせる。ジッチャンの名にかけて!」と約束。そして、はじめは意外な真犯人を突き止めるが…。
中学3年の夏休み、水泳大会に向けてスイミングスクールで美雪から水泳の指導を受けたカナヅチのはじめ。その時、プールでは中学生の美波留、光世、流奈が高飛込みの練習をしていた。昔、この飛込プールで自殺した女の子がいたらしく、今も夜になると女の子の霊が現れるという。はじめは、飛込プールの悪霊の謎に挑む!
剣持警部が捜査を担当した3年前の女子高生死体遺棄事件。主犯格の毒島はわずか3年で少年刑務所を出所する。翌日未明、毒島は何者かに発砲されて顔をケガする。発見された凶器は剣持の拳銃で、剣持は前夜から行方不明になっていた。剣持に疑いの目が向けられる中、新たな事件が起きてしまう…。
ホテルのバスタブで魚崎の遺体が発見される。防犯カメラには魚崎を脅しながら歩く帽子、マスク、コート姿の男。それは剣持の帽子で、明智は剣持を魚崎殺害事件の容疑で全国に指名手配する。はじめは青井や湖森を訪ね、3年前の事件を調べる。はじめは毒島、多間木も狙われると予測し、次の事件を未然に防ごうとするが…。
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