ミナモが一人で事務所の留守番をしていると、オーストラリアの祖母・洋子から電話が入る。ミナモは学校の宿題で、学校生活のレポートを書いている途中だった。波留とミナモが出会い、電理研の調査員とバディという関係を築いてから今まで、いろいろな出会いと事件が起きたことを洋子に話していく。そして、ミナモは波留の見ている世界を見てみようと思うのであった。
波留のところに久島が届けた『脳餓死』の事故調査報告書に、その原因が小湊沙織の遺した企業、ネオブレイン社の託体ベッドにある可能性が示唆される。波留はメタルにダイブして、『脳餓死』の調査を決行にうつす。そして潜入したのがメタル・コミュニティ、『美食倶楽部』だった。『美食倶楽部』の中では極限の食を求めるアバターたちが現れる。
毎日のようにホロンと組み手を交わすソウタ。だが、ソウタは一度もホロンに勝てないでいた。メタルの格闘コミュのAI相手であれば勝てるのだが、実際のホロンに勝つことがなぜかできない。なぜ俺は勝てないのか。そのことについて悩むソウタ。そうした中、『ハナマチ』の風俗店でホロンと同型の公的アンドロイドが流用されているという報告がなされる。ソウタは単身、この調査に臨む。
オーストラリアからミナモの祖母・洋子が人工島に遊びにやってくる。そして時を同じくして母・ミズホも人工島に立ち寄る連絡がやってくる。ミナモは家族の揃うこの機会を利用してホームパーティを開こうと計画する。だが、ソウタは台風の中、気象分子プラントの実地調査のため帰ることができなくなってしまう。更にミズホの乗るはずの飛行機も台風の影響でフライトが取りやめとなっていた。諦めムードのミナモに対し、洋子はこういった。「アンラッキーをハッピーに変えるのが、蒼井家の女性の伝統なの」と。
かつて気象分子の実験を行った島から、メタルに現れる特殊なノイズが発信されてきた。電理研はこの調査のために波留達を派遣する。波留達を出迎えたのは、この島で暮らしていたパークレンジャーのウムランだった。ウムランの案内で波留達は、ノイズの発信源を探るため、密林の奥地へと歩きはじめる。異常に成長した木々や草花に、ミナモは密林が持つ言い知れぬ力を感じ始めていたそのとき、突然、ホロンが機能不全となってしまう。
雨に包まれる密林でおこった電力低下現象。そのために外部のメタルとの接続を断ち切られ、ホロンは稼動不能となってしまう。電理研の久島との連絡も取れず救援を呼ぶこともままならない中、ソウタはホロンのためにその場に留まり、波留とミナモをパークレンジャーのウムランとともに先行させる。ようやく辿りついた密林の奥に群生する巨大な樹木。これがノイズの発生地点だとウムランは言う。波留はその根源を探るため、この島を支配しているメタルへのダイブを決行する。
森で奇跡的な光景を目の当たりにした波留は、もう一度、本当の海に向かい合う情熱がよみがえりはじめていた。ミナモはその姿をみて、自分が波留のために、より役に立つためにと、波留に内緒で電脳化を考え始める。サヤカやユキノは電脳化を歓迎し、洋子はミナモの意思次第だと、ミナモに結論をゆだねる。そして検査に訪れた病院でミナモは波留によく似た青年に出会うのであった。
人工島完成二〇周年式典を一週間後に控え、島中が式典の話題で盛り上がっていた。そんな中、ハレー彗星の接近にちなんで永遠の愛を歌うブレスレット・インフィニティのCMに見入るソウタがいた。一方、臨時評議会の前に波留と会う久島。久島はもしかすると今の地位を更迭される事になるかもしれないことを告げ会議に向かう。そこで人工島の新たな産業の軸となる気象分子プラントの稼動停止を提案する久島。その提案が評議会を震撼させていた。なぜ久島はそのような提案をしたのか。疑問に思った書記長タカナミは波留の元を訪れるのであった。
久島が消えた。その報告を受けた電理研は混乱の極みにあった。ソウタは久島を捜すため、ホロンとともに人工島内を奔走する。波留はメタルの海から久島を捜そうと無謀なダイブを繰り返していた。手がかりのないままに迷走する調査員たち。ソウタはジェニー・円を疑い、向かっていくが返り討ちにあってしまう。軍用義体の使い手であったジェニーはなにかを知っているようだった。久島はどこにいるのか。波留はメタルの中で、久島を捜すため五感を研ぎ澄ます。そして、そこで見たものは、眠り続ける波留自身の姿であった。
華やかな二〇周年式典の前夜祭が行われる中、書記長エリカ・パトリシア・タカナミに対する黒い噂が流れ、会場は重いムードに包まれていた。自らの立場と人工島のこれからを考える書記長の前に現れたのは、ミナモだった。ミナモと話し、初心を思い出す書記長。久島が残したものを知るために、電理研へと向かい、ソウタと再会する。ソウタと書記長は久島が残した答えを見つけ出せるのだろうか。
地球律に伴う衝撃波の発生を抑えるため、書記長と波留たちはジェニー・円と会う。だがジェニーは自らの信念のために、書記長から実権を奪い、自らが人工島の代表者となって気象分子プラントの稼動を実行に移す。打つ手を失った波留たちは、気象分子プラントの稼動を止めるため直接行動に出る。それはソウタが単身乗り込み、気象分子の散布を止めるというものだった。だが気象分子プラントはジェニー・円が独自の設計理念に基づき作り上げた要塞と化していた。はたして、気象分子の散布は止められるのか。
気象分子が散布され、世界は静かにバランスを失い始めていた。予想以上の効果をもたらす気象分子だったが、急激な環境変化は恵みから脅威へと変わりつつあった。うつろう世界の中にあって、一人、来るべき時に備える波留。そしてそれを見るミナモ。ある雨の日に、波留はミナモをランチに誘う。静かな海の前で二人の時間が過ぎていく。その中で波留はミナモに告げるのであった。自分は久島に会いにいくと。
地球律に伴う衝撃波が気象分子プラントを襲い、燃える海の中へと飲み込んでいく。一秒、一秒訪れるタイムリミット。それを防ぐために超限界ダイブを実行に移す波留。ソウタや電理研のサポートをうけて深海とメタル、両方の海に同時ダイブを実施する。一方、アイランドでの介助を行うミナモの姿があった。ミナモは前進するために、自らができることをはじめていた。そしてアイランドから燃えていく海を見つめるのであった。
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