おやつを全部食べてしまったアグモンの責任をとらされた大は、新たに友人・耕一郎の和菓子店「しらとり庵」に、人気の「しらとり饅頭」を買いに行く。だが、耕一郎によると店は休業状態だという。一方、ギャンブルで負け続けていた耕一郎の父親が、突然大勝ちをし始めるのだが…。
新たなデジモン反応の知らせを受け、大たちが向かったその場所は…なんと大自身の家だった!人間界に落ちてきたデジタマから誕生したプワモンは、すぐに知香と仲良しになる。しかし、そこに現れたのはプワモンを連れ戻そうとするファルコモン。ファルコモンの攻撃が知香に迫ったその時…!?
知香をかばってメルクリモンに立ち向かっていったピヨモンは、デジタマの姿でデジタルワールドへと連れ去られてしまった。人間たちの邪気を吸ったデジタマからは、知香の記憶を持ったままのピヨモンが誕生し、アクィラモンに進化して人間界へと舞い戻る。しかし、その心は邪気に犯されてしまっていた…。
メルクリモンを倒すためデジタルワールドへと向かう大たち。彼らを迎えたのは、デジタルワールドに住む謎の少年イクトだった。ピヨモンを追って人間界に現れたファルコモンも、イクトのパートナーとしてともに大たちを襲う。デジモンの敵である人間を許さないと言うイクトは何者なのか!?
メルクリモンがいるという無限氷壁を目指して進む大たち。不気味な横向きのビルが建ち並ぶ谷でメタルファントモンに襲われ、悪夢による精神攻撃を受ける。そこでトーマが見た悪夢は、幼い頃に失った母の記憶。しかしトーマは悪夢に負けたりはしなかった。過去を乗り越える力が、ガオモンを完全体へと進化させる!
メタルファントモンを倒したものの、淑乃が高熱を出して倒れてしまう。さらに、そこに現れたイクトまでもが同じウィルスに感染して倒れてしまった。イクトを救いたいファルコモンは、やむを得ず大たちに協力を求める。ふたりを救うためのワクチンは、かつて人が住んでいた「汚れた場所」にあるというのだが…。
淑乃はようやく回復したが、大やトーマの足手まといになっていると自信を失っていた。幼い頃にピアノの発表会で演奏できなかった記憶がよみがえり、戦いたくないと言い出す淑乃。だが、ひとりでマンモンに立ち向かうララモンの姿を目にして、淑乃は戦う気力を取り戻す。そして、ララモンは完全体ライラモンへと進化する!
ようやくメルクリモンの待つ無限氷壁にたどり着き、メルクリモンとの戦いの火ぶたが切って落とされた!強大な力を持つメルクリモンは、なぜ人間たちを憎んでいるのか。そして、大の父・英との関係とは!?大たちの前に現れた、デジヴァイスのおっちゃんが語る過去とは…!
デジヴァイスのおっちゃんに助けられ、現実世界へと戻ってきた大たち。長官が10年前のデジタルワールド探検隊のことを話し、そのメンバーだった野口夫妻こそが、イクトの両親だと判明する。それでもデジタルワールドへ帰りたいと言うイクトの前に、ゴツモンが現れて…!?
大たちは、イクトの実家を訪れる。10年前、超空間を研究する両親・野口夫妻の目の前で、イクトはデジタルゲートに消えてしまったのだ。本当に自分の両親なのか確かめようとするイクトの前で、デジタルワールドから現れたハグルモンが暴れ回る。その中には取り込まれたイクトの母親が…!
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