XAT部隊内では風邪に似た症状を訴える隊員が続出、これがXAT崩壊の予兆だった。市街地での融合体の大量出現に呼応して、XAT本部内の隊員たちが次々と融合体へ変身したのだ。命令違反で拘留されていたアマンダたちも襲撃を受けるが、ブラッドらに助けられ何とか脱出する。しかし、建物の中は融合体だらけで身動きが取れない。アマンダ達は生き残ったメンバーと合流し、武器庫にバリケードを張って籠城することになってしまう。この惨劇のさ中、ついにジョセフが意識を回復、再び立ち上がるのだった。
生き残った隊員を探しつつ、地下通路を走りヘリポートへと急ぐアマンダたち。融合体となり破壊の限りを尽くす者、絶望し自ら命を絶つ者、XAT本部はまさに地獄の様相となっていた。そして融合体の兆候はアルとブラッドにも及んでいたが、アマンダとヘルマンはまだ無事だった。アルとブラッドはXATの誇りにかけて二人を守り抜き、XATから脱出させることを誓う。一方、ベアトリスとの死闘で倒れたジョセフの前に、再びあの男が姿を現した。
アマンダはジョセフと共に教会の廃墟へと辿り着く。そこでアマンダはジョセフの過去について知ることになる。幼少時のジョセフは、育て親代わりのミュラー神父から自分を守って死んでいった両親の話を聞く。「どれほど過酷な世界であっても、きっと生きる意味はある」というミュラー神父の教えを支えに、ジョセフは賢明に生きてゆく。しかし異民という厳しい現実が、幼いジョセフの心と体を容赦なく痛めつけるのだった。
15歳になったジョセフは、異民の支援活動を行っている青年と出会う。「市民も異民も神様が造られた同じ人間。なぜ苦しんでいる人間をほうっておけるんだ」と語る彼の言葉にジョセフは心動かされる。ジョセフは正義感あふれる青年と一緒になって支援活動を熱心に手伝うが、心ない市民の襲撃にあって青年は怪我を追ってしまう。ジョセフが青年の見舞いへ訪れた際、おなじく青年の見舞いにやってきたサーシャと名乗る女性と出会う。
発見されたジョセフとアマンダは、謎の組織ツヴェルフの本部に招かれる。そこは、未知の科学技術にあふれた要塞と呼ぶにふさわしい巨城だった。アポカリプスナイツと呼ばれるメンバーにはアマンダが良く知る人物も含まれており、動揺を隠すことが出来ない。アポカリプスナイツは専用の超兵器を操り、かつてXATが苦戦した融合体の群衆をいとも簡単になぎ倒していく。その姿をみたアマンダは驚きよりも先に怒りがこみ上げるのだった。
全ての元凶でありながら、未だツヴェルフに協力するサーシャに疑問を投げかけるアマンダ。しかし、ジョセフとザーキンの苦しみを終わらせるためと語るサーシャは、ザーキンを自らの手で倒す覚悟を固めていた。一方、ツヴェルフ本部を目指す聖職者の格好をした男の姿があった。自分がなぜ今でも生きているのか、記憶が欠落しているせいで何も分からぬ彼は、心に秘めた思い果たす為、巨城に向かってひとり黙々と歩き続けるのだった。
融合体へ変身しツヴェルフ本部を破壊したヘルマンは、最新メカ「トリプル・シックス」に乗り逃走。それをパラディンに搭乗したアマンダが追跡する。幻覚と感情の暴走に苛まれるヘルマンは、アマンダを拒絶してしまう。だが、それでもアマンダはあきらめなかった。そこには、もう仲間を失いたくないという思いが込められていた。一方、ウォルフとデモニアックに乗っ取られた空軍基地に対して、サーシャたちアポカリプスナイツの攻撃が開始される。
事態の収拾に焦ったヴィクターは、強化措置を終えたばかりのジョセフを出撃させる。その頃、仲間の敵討ちを誓ったアマンダとヘルマンは、ウォルフに率いられたデモニアック軍団と対峙していた。襲いかかる無数のデモニアックたちにより苦戦するアマンダたち。そこへ強化措置により凶暴化モードへと変身したジョセフが登場、デモニアックたちを次々と虐殺していく。絶望と恐怖と怒りの幻覚の中、ジョセフの殺戮が続くが…!?
ジョセフによるデモニアック殺戮が続く中、逃げだしたウォルフとそれを追撃するヘルマンを追ったアマンダは、その途上で一人の少女と出会う。少女の名はスノウ、誤ってジョセフの血によって融合体となってしまい、その後はジョセフと旅を共にしていた、数少ないジョセフの理解者の一人だった。スノウからヘルマンたちの行き先を聞いたアマンダは、暴走するジョセフをスノウに託しウォルフが逃げ込んだXAT本部へと向かう。
スノウの声を聞き正気を取り戻したジョセフは、ツヴェルフによって回収され、再び強化措置の調整を受ける。しかしそのツヴェルフ本部に対して、デモニアックの大集団が襲いかかろうとしていた。それはデモニアックを強制的に従える力を得たジョセフの覚醒を確かめるため、ザーキン自らが率いたものだった。一方、ツヴェルフ本部からマレクを取り戻したいアマンダは、ヘルマンを捕らえたように偽装して、本部に入ることに成功する。
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