みらいとリコはとある街に遊びにきてウキウキ。なのに…突然現れた魔女のソルシエールと、その仲間・トラウーマの魔法で離れ離れにされちゃった！彼女たちの狙いは＜プリキュアの涙＞。その涙で最悪の魔法が完成しちゃうの！？世界を守れるのは、プリキュア４４人の友情だけ！みんなの応援で映画館に奇跡をおこそう！
歌とダンスの国・ハルモニアでプリキュアオールスターズによる春のカーニバルが開幕！先輩プリキュアの歌とダンスを見て大感激の春野はるかたちも、いざステージへ！妖精たちが行方不明になって会場は大パニック！司会者のオドレン＆ウエタンが超あやしい…。しかもカーニバルをメチャメチャにされてハルモニアの守り神・ドラゴンが暴れだしたの！ハルモニアの平和と大切なカーニバルを取り戻すため、希望の想いをこめた歌とダンスで、プリキュア40人が奇跡をおこす！！
こんにちは！わたし愛乃めぐみ。ある日、みんなとぴかりが丘保育園で人形劇を披露していたら、人形が突然しゃべりだしたの！「王国を救って！」と話すバレリーナ人形の“つむぎちゃん”に連れられて、人形たちの楽園・ドール王国へ！可愛いぬいぐるみ達に囲まれてハピネス注入！…と思ったのに！？ここにもサイアークが！！“謎の男・ブラックファング”の黒い糸に王国は襲われ、“つむぎちゃん”も捕まっちゃって大ピンチ！しあわせいっぱいの王国には悲しい秘密が隠されていたの…。人形たちの想いを守るために、みんなのハピネスパワーで、プリキュアを応援してね！
クイーン・ミラージュ率いる悪の組織・幻影帝国が地球に攻め込んだ。世界中の各大陸にプリキュアチームが存在。人々のために暴れるサイアークを食い止め、戦うプリキュアの情報が、今日もワールドニュースで放送されている。そんな中、サイアークに侵略されたブルースカイ王国の王女・ひめは、逃げるように日本へとやってきた。ひめはブルースカイ王国にいた地球の神様・ブルーに、プリキュアとして戦うように命じられるのだが、いざ変身しても逃げるばかり。そんなひめにブルーは、プリキュアの仲間探しを勧める。ブルーが手渡したのは、愛の結晶。これがパートナーへと導いてくれるという。人見知りのひめには好都合なアイテム。「これが当たった子が友達！」と、ひめの放り投げた愛の結晶は、愛乃めぐみに当たった！今度のプリキュアは、ハッピーパワーを振りまいて、みんなを幸せにするために戦います！
魔法少女大会から人間世界へ帰ってきた砂沙美たちのもとへ、魔女の世界から巫女長がやってきた。優秀な魔法少女だけが参加できる合宿があり、砂沙美たちが選ばれたという。砂沙美たちは大興奮し、合宿に参加するが、どこか魔女たちの行動がおかしい。そこで危険を感じた鷲羽と大門が、魔法の世界から少女たちを連れ戻した。しかし、砂沙美の友人・美紗緒は憧れのお姉さまたちに「今のままでは、いつまでも砂沙美の後ろにいて誰からも注目されない。砂沙美に負けないほどの素質があるのに」と、魔女の世界に残るよう説得される。この言葉に心が揺らいだ美紗緒はついに、魔女の世界に行ってしまい…。
美空小学校の１学期も今日で終わり。どれみは通信簿をドキドキしながら開きます。成績が上がっていれば、夕食は大好物のステーキ！ でも…ステーキさん、さようなら…。ガックリしたところを小竹にからかわれて、いつものように大ゲンカ。その小竹たちは、ないしょの冒険旅行を計画しているみたいです。男の子ってバカみたい。自転車に乗って富士山にのぼるなんて、ぜったいムリにきまってるよ。 腹の虫がおさまらないどれみも、計画のことは気になるようで、魔女見習いに変身してこっそりついていくのですが…。一夏の冒険に、甘酸っぱい初恋の想い出。大切な人の涙と絆、愉快な日々と出会いと別れ…。おジャ魔女たちのナイショの物語が始まります。
むかしむかし、人間と花の精は、なかよく地球でくらしていました。ところが、人間はだんだんと思いあがって、自然をたいせつにしなくなったのです。花の精たちは、虹色の雲のむこうの小さな星・フラワーヌ星にうつって自分たちの王国をきずきました。でも、そのうちの何人かは地球にのこって人間と結婚したのです。そして、花の精の血をずっとうけついできました。フランスのいなか町で、おじいさん、おばあさんとくらす女の子ルンルン。そこへ、フラワーヌ星の国王の使者として、人間の言葉をしゃべる白ネコのキャトーと犬のヌーボがやってきます。そして、王子が次の王位につくために必要な「七色の花」をさがしてほしいとたのみます。花の精の血をひく「花の子」ルンルンにしか、さがせないからです。ルンルンはキャトーとヌーボといっしょに、七色の花をさがしてヨーロッパ各国を旅していきます。
ついに魔女にしてもらうことを女王様と約束したどれみたちは、魔女界からの報せを毎日首を長くして待っていた。しかし何の連絡もないまま、とうとう新学期を迎えてしまう。始業式の朝、どれみたちが学校に行くと、金色の髪をした可愛い女の子が待っていた。女の子はどれみのことをよく知っているようだが、どれみはその子に見覚えがない。首をかしげていると、女の子はとんでもないことを言った。何と、自分はハナちゃんだというのだ。ハナちゃんはどれみたちと一緒に学校に通うため、自分に魔法をかけて６年生になってしまった。しかも、そのために魔力を使いすぎて、大切な水晶玉を割ってしまったらしい。美空小学校での最後の一年は、人間界の常識なんて少しも気にしないハナちゃんを加え、大騒ぎのうちに幕を開ける！
一人前の魔女になるべく勉強中のララベルは、ビスカスが盗みだした魔法の道具をとり返そうとして人間界へ落ちてきてしまう。なんとか半分は取り返したものの、二度と魔法界へ戻れなくなってしまった！見知らぬ町、見知らぬ人々…魔法の国での常識も、人間界では通用しない。それでもララベルは、持ち前の好奇心と明るさで、どんなピンチにも恐れることなくぶつかってゆく。やがて、孫娘に去られて寂しい思いをしていた老夫婦・立花夫妻と知り合ったララベルは、ペットのビラと一緒に、立花家で普通の女の子として生活することになる。
