他者の顔が見えない少女「リンネ」。怪異の調伏を生業とする家に生まれたリンネは初めての御役目に向かうものの、予想を超えた異質な敵と遭遇。危機に陥ってしまう。謎の男「ジュゲム」によって助けられた後、リンネは、自分が生きる世界を含むすべての世界、通称「ストライク・ワールド」が脅威に晒されていると知る。ジュゲムと共に終わりゆく世界の数々を旅する中で、少女は絆を結んでゆく――
主人公・翔子は流星学園中等部に通う中学生。仲良しだった姉・響子は、5年前に海外留学してから一切の連絡を絶っていた。そんなある日、得体のしれない何者かが突然翔子を襲う。襲ってきたのは、かつて女神アテナが封じ込めた邪神エリスの手下・邪精霊（ドリアード）たちだった。そこで翔子はアテナや聖闘士、聖闘少女（セインティア）の存在を知り、同時に自身と姉の残酷な宿命を知ることになる。魂を封じられた邪神エリスの復活を目前に控え活発化する邪精霊たち。星矢たちが銀河戦争や十二宮での死闘を繰り広げている裏側で、沙織や聖闘少女は、黄金聖闘士の力を借り、邪精霊とも壮絶な戦いを繰り広げる！そして、悪のサガ復活の兆しも…。全てのカギを握るのは、聖闘少女になるべく鍛錬を始めたばかりの翔子ー！過酷な宿命に打ちのめされながらも、運命に抗い闘う少女たち。少女たちと神々との凄絶な戦いの物語が幕を上げる！
田舎育ちの女子高生・涼海ひより。好きなことは走ること。得意種目はハードル走。そんな陸上一直線女子のひよりは、陸上部のある学校に進学するため、地元を離れ、東京の桜丘高校へと入学することに。偶然クラスメイトになったのは超人気高校生アイドルユニット『LIP×LIP』の染谷勇次郎と柴崎愛蔵。街中の大型ビジョンで流れる華やかな姿とは裏腹に、ひよりは険しい顔でにらみ合う２人を目撃してしまう。アイドルなんて興味もないし、あんな怖い人たちと関わりたくない。そう思っていたはずなのに・・・。「どうして私が、この２人のマネージャー見習いに!?」新しく出会った友達、服部樹里や中村千鶴との楽しい学校生活。上京の目的だった部活動。そして、右も左もわからないアイドル業界で、マネージャー見習いとしても奮闘するひよりは大忙し。
