力持ちで石頭の陽気なクマのパンチ、小さいネズミの女の子のタッチ、得意のパチンコを武器にするお調子者のイタチのブンは、ガラクタ置き場にある車の中で仲良く自由気ままな生活を送っていた。だが、同じ町には悪いヤツらも住んでいる。紳士を気取ったオオカミのガリガリ博士は手下の黒ネコのブラックとブタのヌーに命令して、街を自分のものにしようと、いつも悪事を企てては何かと町に騒ぎを巻き起こそうとしていた。町の平和を愛するパンチ、タッチ、ブンは、もちろんそれを黙っていられない。その野望を阻止するため、今日もパンチたちの大活躍が始まる！
なんでもＯＫ事務所に所属する伊賀忍者ピュンピュン丸と、その弟でとんでもない泣き声を上げるチビ丸。がめつい所長の叱咤を受けて、彼らは日夜珍事件を追う。同じ事務所の甲賀忍者さゆりちゃんはピュンピュン丸の憧れの人だが、ふられっぱなし。そうかと思えば、ピュンピュン丸にベタ惚れのケメ子が、行く先々で彼を追い回す。そして出没する怪盗スルメイカ衛門、日光からきたニコニコ忍者、七色頭巾ら訳の分からない連中がドタバタに拍車をかける。
時は2015年。最新の技術力で作られた人工島にある科学省の長官・山之上博士は、史上最強のロボットを作るべく、日夜その開発に明け暮れていた。だが、一向に満足するものが出来上がらない。そこで山之上博士は、科学省外部にいた川下博士に、高性能の人工頭脳の制作を依頼した。こうして日本の科学技術の粋を集めた少年ロボット・ジェッターマルスが誕生する。しかし、誕生したばかりのマルスはまだ何も知らない子供。どのように教育すべきか、山之上博士と川下博士の意見が真っ向から対立してしまう。あくまでも日本の平和を守る戦士として厳しく育てようとする山之上博士と、人間と同じ心を持ったロボットにするべきだと考える川下博士。本当の強さとは何か？ マルスは様々な事件を経て成長してゆく。
表層界で平和に暮らしていた天使と悪魔とお守りたち。この世界の創造主である聖神は、彼らの指導者として、スーパーゼウスとブラックゼウスという双子の次神子を誕生させる。しかし、表層界を我がものにしようという野望をいだいた始祖ジュラが、ブラックゼウスを体内に取り込み、悪魔たちを率いて戦乱を起こしてしまった。これに怒った聖神は、表層界を天聖界と天魔界の二つの世界に分断してしまう。こうして天使とお守りは天聖界に、悪魔は天魔界で暮らすようになったのである。それから長い年月が過ぎたある日、天魔界の新たなヘッドとなったスーパーデビルが、突如として天聖界に攻撃をしかけてくる。悪魔たちの攻撃に荒廃する天聖界を憂いたスーパーゼウスは、次界創造の使命を背負った聖神子・聖（セント）フェニックスに、８人の若神子を探すよう命じるのだが…。
謎の少女・風祭華を守るため、ゲゲゲの鬼太郎が立ち上がった。迫る妖怪・鏡爺！日本各地へ飛ばされる仲間たち！そして、あらわれる最強の敵・ヤトノカミ。世界中が見守る中、日本全国から四十七の選ばれし妖怪たちが集う！絶体絶命の妖怪大バトル、ここに爆裂！謎の少女を狙う黒い影！立ち上がる鬼太郎の前に、妖怪・鏡爺の魔の手が迫る。日本全国へ散り散りに飛ばされる鬼太郎ファミリーは絶対絶命！そして再びよみがえる最強の敵は…。カギを握る少女・風祭華を守るため、日本中の妖怪たちが鬼太郎のもとに集結！史上最大の妖怪大バトルが今、はじまる！＜長＞「ゲゲゲの鬼太郎さん、私を助けてください…」妖怪ポストに手紙が届いた。差出人は風祭華。さいきん彼女の身の回りで怪奇な事件が起こっているのだ。だが鬼太郎たちが到着する直前、華は妖怪・鏡爺によって鏡の中にひきずりこまれてしまった。さらに鏡爺は、ネコ娘たちを全国各地へ吹き飛ばすと、鬼太郎を鏡の世界へ閉じ込めた！なんとか鏡爺を破り、鏡の世界から脱出する鬼太郎。しかしそんな中、遥か太古に閻魔大王が封印したはずのヤトノカミが、甦りはじめる。閻魔大王をも苦しめる、妖怪を超えた存在・ヤトノカミ。その復活の鍵を握るのが華だと知った鬼太郎は、彼女を守るため、日本を救うために立ち上がる！世界中の妖怪たちも注目する中、全国各地から日本妖怪47士が集結！ゲゲゲの鬼太郎史上最大の、見たこともない妖怪大バトルがついに始まる――！！
