遥か神話の時代、闘いの女神アテナを護る戦士たちがいた。彼らこそ、この世に邪悪がはびこる時、必ずや現れるという希望の戦士・聖闘士〈セイント〉。長きに渡る「聖戦」より時は経ち、現代。自らの持つ不思議な力に思い悩む少女・城戸沙織は、突如刺客にに襲われ、青銅聖闘士＜ブロンズセイント＞の少年・星矢に救われる。そこで自らの運命と使命を知った沙織は、星矢と仲間の青銅聖闘士と共に聖域〈サンクチュアリ〉へと向かう決意をするのだった。だがそこには教皇の罠と、聖闘士の中でも最強を誇る伝説の黄金聖闘士〈ゴールドセイント〉たちとの死闘が待ち受けていた―!
新月の闇の王国デッド・ムーンの目的は「幻の銀水晶」と地球を奪い、いずれは全宇宙を支配することであった。異変を感じた外部太陽系４戦士も駆けつけ、ついに集結した10戦士は悪夢を終わらせるためデッド・ムーンとの最終決戦に臨む。すさまじい悪夢の力に苦戦するセーラー戦士たち。そして女王ネヘレニアを前に絶体絶命のうさぎだったが、タキシード仮面やセーラー戦士たちの力を借り、ついに究極の姿であるエターナルセーラームーンへと進化する。
桜が舞う4月。街中が今世紀最大の皆既日食に沸くなか、月野うさぎとちびうさは助けを求めるペガサス／エリオスと出会う。時を同じくして、街には“デッド・ムーンサーカス”と名乗る謎のサーカス団が現れる。その正体は女王ネヘレニア率いる新月の闇の王国「デッド・ムーン」であった。新たな敵に立ち向かおうとするセーラー戦士たちだが、心の隙をついて悪夢の世界へと誘惑する敵に惑わされ危機に陥ってしまう。
