人は何を求め、何のために「塔」へと登るのか―。80年の時を越え、ウルク国に再び現れたドルアーガの塔。仲間と共に最上階を制した登頂者ジルを待っていたのは、信じていたカーヤの手ひどい裏切りだった。謎の目的を胸に秘めるニーバと共に「幻の塔」へと消えていくカーヤ。ジルは失意とともに、最下層へと流されていく。カーヤは何を求めていたのか。自分は何を望んでいるのか。生きる気力を失い、答えのない問いを抱えたまま時を過ごすジル。だが、彼の目の前に謎の少女カイが現れ、運命は再び動き始める。「私を塔のてっぺんまで連れて行って」失われたはずの願いを胸に、ジルは再び登頂者となって果てなき塔の冒険に挑む。
アヌの夏―。五年に一度だけ訪れるこの時期は、天上のアヌ神の加護により、塔内の魔物は皆ひとしくその力を失ってしまう。ギルガメス王により建国されたウルク国は、北方に「塔」の復活を確認すると、出現した魔物の征討を理由に「塔」内部への侵攻を開始。以来このアヌの夏の到来を見計らい、上層階への進撃を目標に塔内に拠点を作り続けてきた。嘗て、ドルアーガの塔を彩った勇者ギルと巫女カイの物語が伝説として伝承された八十年後の世界……。ついに三度目のアヌの夏が訪れようとしている。塔内第一階層に最初に建設された拠点「塔内都市メスキア」は、塔と共に復活を遂げたと目されるドルアーガ討伐の為、三度目の出征に備えるウルク国軍と、塔最上階に眠るという伝説の秘宝「ブルークリスタルロッド」の噂を聞きつけた冒険者たちで賑わっていた…。
シルクロードを舞台に時代・空間を縦横無尽に飛びまわる冒険アニメーション。2005年の中国・楼蘭に観光旅行に来ていた少年・ユートは、突然現れた2組のタイムトラベラーの争いに巻き込まれ、いっしょに過去のシルクロードへと時間を飛び越えてしまいます。実はこの2組は24世紀についに完成したタイムマシーンを使って仲の悪い2人の富豪が「シルクロードの秘宝」という、あの三蔵法師がガンダーラから持ち帰った「雪ダルマ大師像」を、持ち帰るよう命令されたエージェント。しかしこの「雪だるま大師像」はいつも目の前で光の粒となってどこかに消えてしまいなかなか捕まえられない。そんなわけで時代を超えてシルクロードのお宝探しに偶然巻き込まれながらも、ワクワクしながら冒険旅行をしていくユートと2チームのエージェントたちのストーリー。