司帝国との戦いが終わり、コールドスリープした司を救うべく動き出した千空たち。石化現象の謎を突き止める為、ついに科学王国は地球の裏側・新世界を目指す！航海に向けて船造りを始めた千空たちは、航海力100億の神腕船長を仲間にしようと、記者だった南の情報をもとに、七海財閥の御曹司で、かつて帆船を乗り回していた男“七海龍水”を目覚めさせる。「はっはー！世界は再び俺の物だ!!」と豪語する龍水は、その圧倒的な強欲さで村に通貨を作り、ゴージャスな暮らしを満喫。船長を引き受ける代わりに、資源の王様“石油”が欲しいと提案するが…？
石器時代から現代文明まで、科学史200万年を駆け上がる！前代未聞のクラフト冒険譚（アドベンチャー）、ここに開幕！人類石化の黒幕・ホワイマンが月にいると突き止めた千空は、全ての謎を暴くため『月面着陸計画』を始動！この石の世界（ストーンワールド）で、ゼロから宇宙船を作るビックプロジェクトへと乗り出した。早速、世界中から宇宙船の素材を集めるため、大海原へと飛び出した千空たち。最初の目的地・アメリカに降り立つと、そこにはDr.ゼノ率いる高度な科学王国が存在していた！互いにリーダーを狙いあう科学vs.科学の速攻戦で、Dr.ゼノを捕らえたクロムたち。スタンリーの猛追をかわしながら、次に目指すのは、あの忌まわしき石化光線の発信源――南米大陸!!石化装置“メデューサ”の秘密に挑みながら、全力クラフトでアマゾンを駆け抜ける千空たち。スタンリー部隊の魔の手が迫る中、千空と科学王国の仲間たちは、科学の灯を繋ぎ、ついにメデューサの核心に迫る――!!
