毎晩、少年古見浩一の夢の中に出てくるバビルの塔。家族が半信半疑で見守る中、夢の通り、使者が現れ、少年はバビルの搭へと連れて行かれる。そして浩一が塔で告げられた真実は驚くべきものだった。バビルの塔とは、古代に、宇宙船の故障によって地球に降り立った異星人・バビル１世が残した超科学的な遺産であり、異星人の血を引く浩一が受け継ぐにふさわしいと判断された、というのだ。浩一は、その日以来、バビル２世として、バビルの塔の新たな主となることを決意する。バビルの塔と共に残された３つの僕（しもべ）、怪鳥・ロプロス、海に潜むロボット・ポセイドン、変身能力をもつロデムを従え、さらに自分の中に眠っていた超能力を目覚めさせる。そして、バビル１世の能力を受け継ぎ、世界征服を企む男・ヨミに戦いを挑んでいく。
地球から２２０万光年離れた大宇宙の彼方。アンドロメダ星雲に属する惑星アストゥリアスの王子・イタカは、隣国の王女・リリアを妃に迎えた。喜びに沸く両国。しかし、二人の幸せは長くは続かなかった。マザーマシンというコンピューターに惑星が浸食され始めたのである。心を支配され、すっかり人が変わってしまったイタカ。国中でマザーマシンの浸食が進む中、リリアはジムサとアフルの双子を出産するものの、この兄弟は別々に暮らさなくてはならなかった。だが、成長した二人は再会し、母リリアを守りながら、同じくマシンに母星を侵略されてしまった女剣士イルたちの助けを借りてマザーマシンに立ち向かうことになる。惑星全域にわたって勢力を増大させるマザーマシンの狙いとは何か。そしてこの親子の運命は…！？
物語は１００年ほど前のイギリスから始まる。アップルフィールド孤児院で暮らしていた少女・ナージャのもとに、見知らぬ相手から荷物が届く。包みを解くと出てきたのはトランクで、中には見たこともないほど綺麗なドレスと日記帳が入っていた。ナージャは驚く。今まで死んだと思っていた母親が生きていたのだ！ 大喜びのナージャだが、彼女の前に現れたのは母親ではなく、ブローチを狙う怪しい二人組だった。二人組のために孤児院が火事になり、手がかりとなるトランクを炎の中から持ち出したナージャは、危ういところを救ってくれた貴族の息子フランシスと運命的な出会いを果たす。自分がいれば、孤児院のみんなを巻き込んでしまう…責任を感じたナージャは、得意のダンスと歌を生かして旅芸人のダンデライオン一座に入り、様々な国を回りながら母を捜すことを決意する。いま、運命の扉がひらく！
物語の始まりは、宇宙の中心と言われる星。銀河鉄道のすべての始発駅ディスティニー。有紀学（ユウキ・マナブ）は亡き父や兄の遺志を継ぎ、銀河鉄道の安全を守る空間鉄道警備隊（SDF）に入隊する。SDFは宇宙で最も正確と言われる銀河鉄道の運行スケジュールを守るため、各路線で起こる事故、災害、救命救急、宇宙海賊の討伐などに対処している。SDFと銀河鉄道全線を統括する謎の美女レイラ・ディスティニー・シュラは、人や生物、惑星の運命が見える能力を持っている。旅立つ者の未来にどんな苦難が待ち受けていると分かっていても、決してその未来を伝えてはならない“運命の守護者”である。しかし、自分の運命に立ち向かう旅人を、邪悪な力で変えようとする者が現れた時、彼女の秘められた力が発動する。果たして学の運命は、レイラにはどう映っているのだろうか…。銀河鉄道網を脅かす最大の危機が迫るなか、学は自らの運命をどう切り開いてゆくのか…。
「死ねば、助かるのに……」それは、南郷の背後のソファに座っているあの少年から発せられた言葉。少年は南郷の後ろにいるので、当然、彼のテは見えている。「……麻雀、分かるのか？」「いや、全然……ただ、今あんたの背中の気配が死んでいた。勝とうという強さがない。ただ助かろうとして、怯えているんだ」少年の言葉に、安全な牌でなく危険牌を打つ南郷。結果、南郷は逆転を収めた。休憩中に南郷は、少年に言った。「俺の代わりに打ってくれないか？」「……？」少年は、麻雀を知らないと言った。つまり素人である。ヤクザ相手の「闇麻雀」において、これは無謀ともいえる暴挙だ。しかし、南郷は感じ取っていたのだ。この少年が持っている気配……「あんたは、死線を越えてきた……」今、まさに死線をさ迷っている南郷だからこそ感じ取ることが出来たのかもしれない、この少年の持つオーラ。「あんたなら、越えられる。この死線……」南郷は、己の命運を、素人同然のこの少年に賭けたのだ。勝つ(生きる)ために……。「少年、名前は？」しばらくの間の後、少年は答えた。「アカギ……赤木しげる」彼こそが、後に「裏の麻雀界」を震撼させることになる「伝説の代打ち・赤木しげる」であった。
砂漠の真ん中に立ち、崩壊したバベルの塔を見ている浩一。そんな同じ夢を見続ける中、日常にも浩一に異変が…。超能力、バベルの塔、バビロンタワービル、そしてヨミ。壮大な物語が今幕を開ける！
いつものように何も起きない、ごくありふれた夏だと思っていた…。夏休み最後の夜、浅羽直之はふとした出来心から学校のプールに忍び込んだ。彼はそこで、手首に銀色の球体を埋め込んだ不思議な少女と出会う。「伊里野加奈」…それが二人の出逢いだった。新学期になると、伊里野は浅羽のクラスに転校してきた。他人とのコミュニケーションを苦手にしているらしい伊里野だったが、浅羽には不思議と心を開いた。二人は学校生活を通じて、次第に親密になってゆく。しかし伊里野には得体の知れない一面があった。頻繁に校内放送で呼び出されては姿を消し、様々な出来事に対して、時に自らを傷付けるような奇妙な反応を見せるのだ。そして、どこからともなく現れては伊里野の窮地を救う謎の男・榎本の存在…。伊里野の秘密は、ここ園原の軍事基地や、新聞部が解明を目指すＵＦＯ騒動と何らかの関係があるのだろうか？やがて特殊戦闘機「ブラックマンタ」の存在を通じて、彼女の背負う過酷な運命が明らかになってゆく…。今、短い夏の永遠の物語が始まる。
