魔法少女大会から人間世界へ帰ってきた砂沙美たちのもとへ、魔女の世界から巫女長がやってきた。優秀な魔法少女だけが参加できる合宿があり、砂沙美たちが選ばれたという。砂沙美たちは大興奮し、合宿に参加するが、どこか魔女たちの行動がおかしい。そこで危険を感じた鷲羽と大門が、魔法の世界から少女たちを連れ戻した。しかし、砂沙美の友人・美紗緒は憧れのお姉さまたちに「今のままでは、いつまでも砂沙美の後ろにいて誰からも注目されない。砂沙美に負けないほどの素質があるのに」と、魔女の世界に残るよう説得される。この言葉に心が揺らいだ美紗緒はついに、魔女の世界に行ってしまい…。
柾木天地が伝説の鬼「魎皇鬼」の封印を解いたことから始まったＯＶＡシリーズのラストから１年後…。柾木天地の小・中学校の後輩であり、柾木家の親戚筋にあたる少年と友達の関係にある、天地の運の悪さを持つ１５歳の高校一年生「山田西南」が今回の主人公。ある日、西南がいつものように他人と自分に降りかかる災難をかいくぐり、目的地へ向かうなか、柾木家の近くで西南の乗る自転車がパンクする。その修理をしているところへ、未確認物体が西南の頭上へ落ちてきた…！？樹雷皇家とまったく関係ない普通の地球人の少年が、ひょんなことから宇宙に旅立つところから、新しい物語が始まる！
主人公・ガッツの生い立ちから幼年期、そして親友でありのちに終生の敵となるグリフィスとの出会い、さらに蝕とよばれる天地異変を経てガッツが復讐の旅に出るまでのいわゆる「黄金時代」と呼ばれる部分が描かれたもの。
柾木神社の跡取息子である、柾木天地はごく普通のどこにでも居る少年であった。しかし、神社の中にある「鬼」を封じ込めている祠を開けてしまったことから、封じられていた「鬼」＝魎呼が復活し、魎呼から追われ、戦う羽目になった。そしてその事は、天地が銀河を支配する樹雷一族との関わりを知ることになる、始まりでもあったのだった。
２ＸＸＸ年、地球が生み出したスポーツ「バスケットボール」が全宇宙的なスポーツとなり、その頂点に君臨する「宇宙リーグ」があった。
「死ねば、助かるのに……」それは、南郷の背後のソファに座っているあの少年から発せられた言葉。少年は南郷の後ろにいるので、当然、彼のテは見えている。「……麻雀、分かるのか？」「いや、全然……ただ、今あんたの背中の気配が死んでいた。勝とうという強さがない。ただ助かろうとして、怯えているんだ」少年の言葉に、安全な牌でなく危険牌を打つ南郷。結果、南郷は逆転を収めた。休憩中に南郷は、少年に言った。「俺の代わりに打ってくれないか？」「……？」少年は、麻雀を知らないと言った。つまり素人である。ヤクザ相手の「闇麻雀」において、これは無謀ともいえる暴挙だ。しかし、南郷は感じ取っていたのだ。この少年が持っている気配……「あんたは、死線を越えてきた……」今、まさに死線をさ迷っている南郷だからこそ感じ取ることが出来たのかもしれない、この少年の持つオーラ。「あんたなら、越えられる。この死線……」南郷は、己の命運を、素人同然のこの少年に賭けたのだ。勝つ(生きる)ために……。「少年、名前は？」しばらくの間の後、少年は答えた。「アカギ……赤木しげる」彼こそが、後に「裏の麻雀界」を震撼させることになる「伝説の代打ち・赤木しげる」であった。
物語の始まりは、宇宙の中心と言われる星。銀河鉄道のすべての始発駅ディスティニー。有紀学（ユウキ・マナブ）は亡き父や兄の遺志を継ぎ、銀河鉄道の安全を守る空間鉄道警備隊（SDF）に入隊する。SDFは宇宙で最も正確と言われる銀河鉄道の運行スケジュールを守るため、各路線で起こる事故、災害、救命救急、宇宙海賊の討伐などに対処している。SDFと銀河鉄道全線を統括する謎の美女レイラ・ディスティニー・シュラは、人や生物、惑星の運命が見える能力を持っている。旅立つ者の未来にどんな苦難が待ち受けていると分かっていても、決してその未来を伝えてはならない“運命の守護者”である。しかし、自分の運命に立ち向かう旅人を、邪悪な力で変えようとする者が現れた時、彼女の秘められた力が発動する。果たして学の運命は、レイラにはどう映っているのだろうか…。銀河鉄道網を脅かす最大の危機が迫るなか、学は自らの運命をどう切り開いてゆくのか…。
