石器時代から現代文明まで、科学史200万年を駆け上がる！前代未聞のクラフト冒険譚（アドベンチャー）、ここに開幕！人類石化の黒幕・ホワイマンが月にいると突き止めた千空は、全ての謎を暴くため『月面着陸計画』を始動！この石の世界（ストーンワールド）で、ゼロから宇宙船を作るビックプロジェクトへと乗り出した。早速、世界中から宇宙船の素材を集めるため、大海原へと飛び出した千空たち。最初の目的地・アメリカに降り立つと、そこにはDr.ゼノ率いる高度な科学王国が存在していた！互いにリーダーを狙いあう科学vs.科学の速攻戦で、Dr.ゼノを捕らえたクロムたち。スタンリーの猛追をかわしながら、次に目指すのは、あの忌まわしき石化光線の発信源――南米大陸!!石化装置“メデューサ”の秘密に挑みながら、全力クラフトでアマゾンを駆け抜ける千空たち。スタンリー部隊の魔の手が迫る中、千空と科学王国の仲間たちは、科学の灯を繋ぎ、ついにメデューサの核心に迫る――!!
防衛隊長官・四ノ宮功の判断により兵器化を免れるも、身柄を拘束されたままの日比野カフカ。異動命令が下った第３部隊の新人たちがそれぞれの任務先へ向かうなか、彼の前に現れたのは、第１部隊を率いる防衛隊最強の男・鳴海弦だった。隊員としてのカフカを必要としない鳴海に対し、自身の力を認めさせるため「怪獣８号」の強大すぎる力と向き合うことになるカフカ。しかしその陰では、「怪獣９号」の脅威が迫っていた…。継承される意志と力、新たな識別怪獣兵器（ナンバーズ）適合者の誕生、そして防衛隊を襲う史上最大の危機が訪れる――。
1990年2月、神戸市北区オリゴン村。児童養護施設で過ごしていた双子の少年ミギとダリは、ある日裕福で穏やかな老夫婦、園山夫妻に養子として迎えられる。しかしそれはふたりの少年「ミギ」と「ダリ」としてではなく、ひとりの少年「園山秘鳥」としてだった。二人は正体を隠し、園山秘鳥を演じながらオリゴン村に溶け込んでいく。一体何のために二人で一人の人間を演じているのか。そこには大きな秘密と恐るべき目的があった。
