お台場とデジタルワールドを行き来した冒険の日々から10年が過ぎた2012年。それぞれの道を歩き出しつつも、大輔たち選ばれし子どもたちとパートナーデジモンは変わらぬ絆で結ばれていた。そんなある日、突如巨大なデジタマが東京タワー上空に出現し、世界中へメッセージが発信される。「みんなにともだちを。世界中すべてのひとにデジモンを」世界がその動向を注目する中、大輔たちの前に欠けたデジヴァイスを持った青年・大和田ルイが現れる。選ばれし子ども誕生の裏側には、幼いルイのたった一つの願いが隠されていた……。過去そして現在、全てが繋がった時、デジモン史上最大の危機が訪れる。果たして大輔たち02チームが選んだ道とは？今再び、大人になった選ばれし子どもたちが出動する！
「ねえ知ってる？この学園の七不思議にまつわる奇妙な噂」旧校舎 3 階女子トイレの 3 番目には『トイレの花子さん』がいて、大切なものと引き替えに願いを叶えてくれるという。かもめ学園の七不思議・トイレの花子くんと、その助手になったオカルト少女・八尋寧々。怪異事件ばかりが起こるこの学園で、彼らは平和な日をどう過ごしているのか。これは本編では描かれない、ゆる～い放課後のひととき。
