忍術学園の夏休みの宿題で、大トラブルが発生！ 事務員のミスで、忍たまたちの宿題が入れ替わってしまったのだ。一年は組の山村喜三太に与えられた宿題は、六年生用の宿題「オーマガトキ城城主・大間賀時曲時のふんどしを取ってくる」というもの。しかも、オーマガトキ城は、タソガレドキ城と戦の真っ最中で、そのまま喜三太は行方不明となってしまう。学園長の号令で、乱太郎たちは合戦中のオーマガトキ城に喜三太を救出に向かうのだが…。
イナズマジャパンと新生イナズマジャパンのエキシビジョンへＬＢＸの集団が襲撃。スタジアムを破壊する彼らを追いかけてきたのはバンたちＬＢＸプレイヤーだった。決して出会うことのない二つの世界が交差するとき、サッカーｖｓＬＢＸのかつてない激闘が幕を開ける。
サッカー管理組織・フィフスセクターから自分達のサッカーを取り戻すべく闘い続ける天馬たち。彼らがフィフスセクターに連れてこられた謎の島は強力な化身を使いこなすプレイヤー「シード」を生み出す訓練施設がある『ゴッドエデン』だった！強制的に白竜率いるシードのチームとの試合が開始されるが圧倒的強さの前に雷門イレブンは大敗してしまう。超絶化身バトルの中で、雷門イレブンの絆“魔帝グリフォン”は勝利を掴めるのか！？
雷門中サッカー部は、フットボールフロンティア決勝戦に進出。だが世宇子中との決勝戦に挑む雷門中の前に現れたのは、世宇子ではなく「王牙（オーガ）学園」と名乗る、未来から送りこまれた戦闘集団だった！彼等は、「平和過ぎる時代」を作り出す原因となった雷門中の優勝という歴史を塗り変えようと未来からやってきたのだ。時空を超えた超次元サッカーバトルの火蓋が切って落とされる！
ある日、しまじろうたちの住むちゃれんじ島の花がみんな枯れてしまいました。その原因を知る花の姫フフと出会ったしまじろうたちは、協力してフフのお母さん、「七色の花」の救出に向かうことに・・・。
アタゴオルのトラブルメイカー、ヒデヨシは、ある日、親友のテンプラ（内田朝陽）やツキミ姫の制止を振り切り、封印された謎の箱を開けてしまう。中から現れたのは、何千年もの眠りから覚めた植物の女王ピレア。ピレアは美しい歌声でアタゴオルの住人をたちまちとりこにするが・・・・・・。
グリーンリーヴズ・エンタテインメントは、仙台で活動する弱小芸能プロダクション。しかし最後の所属タレントに逃げられ、社長の丹下は次の手としてアイドルユニットの結成を思い立つ。丹下の無茶振りにしぶしぶ街に繰り出しスカウトを始めたマネージャーの松田は、公園で一人歌を口ずさむ少女に出会う。その素晴らしい歌声に思わず声をかけるのだが、彼女は「アイドル」という言葉に表情を曇らせ、逃げるように立ち去ってしまう。その少女こそかつて国民的人気アイドルユニット『Ｉ－１クラブ』のセンターを務めながらも、ある事情で脱退した元アイドル、島田真夢であった。
これが最後の手品！！時代遅れのマジックを披露する老手品師タチシェフは、かつての人気をすっかり失い、場末のバーでドサまわりの日々。ある日、スコットランドの離島に流れ着いた彼は、やっと電気が開通したばかりの片田舎のバーで、貧しい少女アリスと出会う。
大戦後の２１３８年、中立都市オリュンポスの特殊部隊所属の戦士デュナンとブリアレオスは固いきずなで結ばれた戦友であり、私生活では恋人同士でもあった。ある日、ブリアレオスは戦闘中にデュナンをかばい重傷を負い、一命はとりとめたものの昏睡状態になってしまう。そんな折、デュナンの元に新しいパートナーが配属される。
世界を壊滅状態に追い込んだ非核大戦が集結した。伝説の女性戦士デュナン・ナッツは町を彷徨（さまよ）いながら、かつての恋人ブリアレオスを想っていた。そこへ突如、ヘリが現れ美しい女性ヒトミが降りて来た……。
