婚約者を惨殺した死刑囚・佐竹博文。彼は絶体絶命の窮地から何度も生還してきた「アンデッドマン」だった。そんな佐竹に興味を持った研究機関「ヒューマンバグ大学」。実際に起きた奇跡的な事象と、その渦中にいた人間を研究している。研究対象となった佐竹から語られる不死にして不幸な日常の記憶。なぜ婚約者を殺したのか？真実はやがて、巨大な陰謀を明らかにする…
「私が“生きる希望”をあげる」架橋明日(かけはしミライ)は家族を事故で失い、引き取られた親戚のもとでも辛い日々を送っていた。全てに絶望した少年は、中学校を卒業したその日、ビルの屋上から身を投げる。しかし、少年はそこで1羽の天使と出会う――!?
この物語は、とあるクール、いや、クーレストな高校生・坂本の学園生活を綴ったものである――。入学早々、クラスの、いや学校中の注目を集める一人の生徒がいた。その名は坂本（さかもと）。彼にかかれば、ただの反復横跳びは、秘技「レペティションサイドステップ」へと変貌し、上級生からの「パシリ」は、「おもてなし」へとクラスチェンジする。そんな彼のクールな一挙手一投足から、目が離せない。
朋也は幼い汐に語りかける。汐の母・渚と出会った日のことを、そして二人が歩んできた日々のことを…。
高校３年生になった渚は、知り合いが一人もいないクラスになってしまう。秋生に励まされながらも友達を作ろうとするのだがなかなかうまくいかない。一方２年生の杏は、委員長だからとクラスの不良男子２名の面倒を見る羽目になっていた。
さまざまなヒロインとのエピソードを描いた第一期とは異なり、メインヒロインである渚との同棲から結婚、悲しい別れ……そして娘の汐との生活を描いてゆく。
進学校の中で不良扱いされている岡崎朋也。そんな朋也を毎朝起こしにくる一人の生徒、坂上智代。お弁当を作ってきたりとこまめに世話を焼いてくれる彼女の目標は生徒会長になること。ある朝、いつものように智代が朋也を起こしにくる。それは、生徒会長選挙当日。二人がつき合い始めて1ヶ月が経とうとしていた…。
学園祭も終わり、朋也は高校最後の夏を迎えていた。夏休みに入ってからも3年生は補習の続く毎日だが、朋也は渚の手前サボることも出来ない。そんな中で春原の妹、芽衣が再び遊びにくる…。
